Första forskningsingenjör inom bioinformatik

Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskaplig fakultet

Umeå universitet är ett av Sveriges största lärosäten med över 37 000 studenter och cirka 4 700 anställda. Vid universitetet finns en mångfald av utbildningar av hög kvalitet och världsledande forskning inom flera vetenskapsområden, och här gjordes den banbrytande upptäckten av gensaxen CRISPR-Cas9 som tilldelats Nobelpriset i kemi. Vid Umeå universitet är allt nära. Våra sammanhållna campus gör det lätt att mötas, samarbeta och utbyta kunskap, något som gynnar en dynamisk och öppen kultur.

Den samhällsomvandling och de stora gröna investeringar vi ser i norra Sverige skapar enorma möjligheter och komplexa utmaningar. För Umeå universitet handlar det om att bedriva forskning om – och mitt i – ett samhälle i omvandling. Men också om att leverera utbildningar för regioner som behöver expandera fort och hållbart. Det är helt enkelt här framtiden skapas.

Är du intresserad av att veta mer? Läs mer om Umeå universitet som arbetsplats.

Umeå Plant Science Centre (UPSC) är ett av Europas starkaste forskningscentrum inom experimentell växtbiologi. Här har du tillgång till de senaste instrumenten och ett en miljö med mer än 200 växtforskare. Vår forskning spänner från biokemi och molekylärbiologi till fysiologi och ekosystem forskning (www.upsc.se).

Umeå Plant Science Centre (UPSC) är en av de starkaste forskningsmiljöerna för grundforskning i växtbiologi i Europa. Forskningen vid UPSC omfattar ett brett spektrum av discipliner inom växtbiologi inklusive ekologi, beräkningsbiologi, genetik, fysiologi, biokemi, cellbiologi och molekylärbiologi (se www.upsc.se). Institutionen för fysiologisk botanik, som är en del av Umeå Plant Science Centre, utlyser en anställning som första forskningsingenjör på två år. Sista ansökningsdag är den 27 april 2022.

Beskrivning av arbetsuppgifter

Du kommer att vara en del av i Umeå Plant Science Center (UPSC) bioinformatik, där du kommer att tillhandahålla datavetenskaplig service och stöd till UPSC’s forskargrupper. Arbetsuppgifterna omfattar analys av High Throughput Sequencing (i huvudsak RNA-seq) data – det vill säga användning av vår pipeline för dataförbehandling, kvalitetskontroll, resultatframställning och presentation. I en del av dessa forskningsprojekt kommer du att i analysen bistå forskare med bioinformatikkompetens i högre utsträckning. Du kommer att hjälpa biologer med att till exempel söka sekvenshomologer och att utföra fylogenetiska analyser. I arbetsuppgifterna ingår också att hålla sig uppdaterad med de senaste teknikerna inom programvaror och verktyg samt att utveckla pipelines för analys av NGS data, liknande vår RNA-Seq pipeline, till exempel för ChIP-Seq, sRNA-Seq, ncRNA-Seq eller metagenomik.

Kvalifikationer

Doktorsexamen inom beräkningsbiologi, bioinformatik eller motsvarande krävs. Du är väl bekant med Unix/Linux och minst ett programmeringsspråk såsom Python, R, C eller C ++ . Mycket god kunskap i muntlig och skriftlig engelska är ett krav, samt mycket god förmåga att arbeta självständigt och organisera arbetet.

Erfarenhet av NGS teknik, särskilt single-cell RNA-Seq och metagenomik / metatranscriptomic samt kunskap om machine learning och statistik är meriterande. Det är även meriterande om du har tidigare erfarenhet av att arbeta i tvärvetenskapliga arbetsgrupper samt erfarenhet av att presentera resultat grafiskt och interaktivt, till exempel genom att använda så kallade ”shiny apps”.

Villkor

Anställningen avser heltid och är tidsbegränsad till 2 år. Tillträde 16 maj 2022 eller enligt överenskommelse.

Ansökan

Ansökan skall innehålla (1) ett personligt brev (2) CV och (3) kopior på relevanta examen. Du ansöker via vårt e-rekryteringssystem. Ansök via knappen längst ner på sidan. Sista ansökningsdag är 27 april 2022.

Kontakt

Vid frågor om anställningen, vänligen kontakta universitetslektor Nathaniel Street, nathaniel.street@umu.se eller 090-786 54 73.

Välkommen med din ansökan!

Institutionen för fysiologisk botanik är en del av Umeå Plant Science Centre med cirka 200 medarbetare som består av bland annat av 40 gruppledare och representerar för närvarande 48 olika nationaliteter (för mer information, se http://www.upsc.se eller http://www.plantphys.umu.se/english/). Vår huvudsakliga verksamhet är akademisk forskning och utbildning som innefattar områden som ekologi, biokemi, plant fysiologi samt genomik.

Umeå universitet vill erbjuda en jämställd och jämlik miljö där öppna samtal mellan människor med olika bakgrund och perspektiv lägger grunden för lärande, skaparkraft och utveckling. Vi välkomnar därför personer med olika bakgrunder och erfarenheter att söka den aktuella anställningen.

Till bemannings- och rekryteringsföretag och till dig som är försäljare: Vi undanber oss vänligen men bestämt direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av ytterligare jobbannonser.