Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskaplig fakultet

Umeå universitet satsar på kreativa miljöer för studier och arbete. Hos oss finns attraktiva utbildningar, världsledande forskning och utmärkta innovations- och samverkansmöjligheter. Fler än 4 100 medarbetare och 34 000 studenter har redan valt Umeå universitet. Välj oss du också.

Vi söker en forskningsingenjör för att arbeta med bioinformatisk storskalig analys av sekvensdata från historiska luftfilter med syfte att identifiera patogener. Arbetet kräver att du har erfarenhet av programmering och analys av sekvenseringsdata. Tjänsten avser 100% och är tidsbegränsad till 7.5 månader. Tillträde 2020-04-27 eller enligt överenskommelse. Sista ansökningsdag är 2020-04-13.

Arbetsuppgifter
Du kommer att arbeta med analys av storskaliga sekvenseringsdata. Datat kommer från luftfilter som samlats in varje vecka under 40 år i Kiruna. Luftfiltren fångar upp DNA från i stort sett alla organismer i miljön. Allt från växter, svampar och djur till bakterier och virus. Din uppgift blir att identifiera ett antal definierade skadeorganismer i dessa data och följa hur deras förekomst förändrats under 40 år. Denna analys inkluderar pre-processning av sekvensdata, klassificering med hjälp av k-merbaserade verktyg (som Centrifuge och Kraken2) samt verifiering med hjälp av mappning av sekvenser till referensgenom och byggande av skräddarsydda referensdatabaser.

Kompetenskrav
Vi söker dig som har en magisterexamen i biologi, statistik, programmering eller liknande. Du ska också ha erfarenhet av programmering i Python och analys av storskaliga sekvenseringsdata från komplexa miljöprover. Du måste också ha stor vana av att arbeta på nationella beräkningsresurser som HPC2N och/eller UPPMAX.

Övrigt
Erfarenhet av sekvensbaserad klassificering av organismer (fram för allt K-merbaserad klassificering med hjälp av Kraken2 och Centrifuge) och byggande av skräddarsydda referensdatabaser samt uppbyggande av beräkningspipelines med hjälp av Snakemake är meriterande.

För mer information rörande befattningen vänligen kontakta Per Stenberg, per.stenberg@umu.se

Ansökan
Du ansöker via vårt rekryteringssystem, Varbi. Ansökan ska innehålla ett personligt brev, CV, styrkta kopior av betyg och intyg samt namn och kontaktinformation till minst två referenspersoner.

Institutionen för ekologi, miljö och geovetenskap (EMG) bedriver forskning och forskarutbildning inom ämnena ekologi, miljövetenskap och naturgeografi. Institutionen har ca 140 medarbetare. För mer information, se www.emg.umu.se.

Anställningsform Visstidsanställning längre än 6 månader
Anställningens omfattning Heltid
Tillträde 2020-04-27 eller enligt överenskommelse
Löneform Fast månadslön
Antal lediga befattningar 1
Sysselsättningsgrad 100%
Ort Umeå
Län Västerbottens län
Land Sverige
Referensnummer AN 2.2.1-444-20
Publicerat 2020-03-23
Sista ansökningsdag 2020-04-13

Tillbaka till lediga jobb