Forskningsingenjör - Befattningen är under tillsättning eller redan tillsatt, och det är inte längre möjligt att lämna in en ansökan
Denna annons är inte tillgänglig!
Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskaplig fakultet
Umeå universitet är ett av Sveriges största lärosäten med över 37 000 studenter och cirka 4 700 anställda. Vid universitetet finns en mångfald av utbildningar av hög kvalitet och världsledande forskning inom flera vetenskapsområden, och här gjordes den banbrytande upptäckten av gensaxen CRISPR-Cas9 som tilldelats Nobelpriset i kemi. Vid Umeå universitet är allt nära. Våra sammanhållna campus gör det lätt att mötas, samarbeta och utbyta kunskap, något som gynnar en dynamisk och öppen kultur.
Den samhällsomvandling och de stora gröna investeringar vi ser i norra Sverige skapar enorma möjligheter och komplexa utmaningar. För Umeå universitet handlar det om att bedriva forskning om – och mitt i – ett samhälle i omvandling. Men också om att leverera utbildningar för regioner som behöver expandera fort och hållbart. Det är helt enkelt här framtiden skapas.
Är du intresserad av att veta mer? Läs mer om Umeå universitet som arbetsplats.
Vi söker en forskningsingenjör för att arbeta med bioinformatisk storskalig analys av sekvensdata från historiska luftfilter med syfte att identifiera patogener. Arbetet kräver att du har erfarenhet av programmering och analys av sekvenseringsdata. Tjänsten avser 100% och är tidsbegränsad till 7.5 månader. Tillträde 2020-04-27 eller enligt överenskommelse. Sista ansökningsdag är 2020-04-13.
Arbetsuppgifter
Du kommer att arbeta med analys av storskaliga sekvenseringsdata. Datat kommer från luftfilter som samlats in varje vecka under 40 år i Kiruna. Luftfiltren fångar upp DNA från i stort sett alla organismer i miljön. Allt från växter, svampar och djur till bakterier och virus. Din uppgift blir att identifiera ett antal definierade skadeorganismer i dessa data och följa hur deras förekomst förändrats under 40 år. Denna analys inkluderar pre-processning av sekvensdata, klassificering med hjälp av k-merbaserade verktyg (som Centrifuge och Kraken2) samt verifiering med hjälp av mappning av sekvenser till referensgenom och byggande av skräddarsydda referensdatabaser.
Kompetenskrav
Vi söker dig som har en magisterexamen i biologi, statistik, programmering eller liknande. Du ska också ha erfarenhet av programmering i Python och analys av storskaliga sekvenseringsdata från komplexa miljöprover. Du måste också ha stor vana av att arbeta på nationella beräkningsresurser som HPC2N och/eller UPPMAX.
Övrigt
Erfarenhet av sekvensbaserad klassificering av organismer (fram för allt K-merbaserad klassificering med hjälp av Kraken2 och Centrifuge) och byggande av skräddarsydda referensdatabaser samt uppbyggande av beräkningspipelines med hjälp av Snakemake är meriterande.
För mer information rörande befattningen vänligen kontakta Per Stenberg, per.stenberg@umu.se
Ansökan
Du ansöker via vårt rekryteringssystem, Varbi. Ansökan ska innehålla ett personligt brev, CV, styrkta kopior av betyg och intyg samt namn och kontaktinformation till minst två referenspersoner.
Institutionen för ekologi, miljö och geovetenskap (EMG) bedriver forskning och forskarutbildning inom ämnena ekologi, miljövetenskap och naturgeografi. Institutionen har ca 140 medarbetare. För mer information, se www.emg.umu.se.
| Anställningsform | Tidsbegränsad anställning |
|---|---|
| Anställningens omfattning | Heltid |
| Tillträde | 2020-04-27 eller enligt överenskommelse |
| Löneform | Fast månadslön |
| Antal lediga befattningar | 1 |
| Sysselsättningsgrad | 100% |
| Ort | Umeå |
| Län | Västerbottens län |
| Land | Sverige |
| Referensnummer | AN 2.2.1-444-20 |
| Publicerat | 2020-03-23 |
| Sista ansökningsdag | 2020-04-13 |