Forskningsingenjör inom bioinformatik på Umeå universitet

Beskrivning

Umeå universitet är platsen för den banbrytande upptäckten av den genetiska saxen CRISPR-Cas9 - en revolution inom genteknik som har belönats med Nobelpriset i kemi.

Tjänsten som forskningsingenjör är placerad i professor Överbys forskargrupp. Forskargruppens fokus ligger på att förstå fästingburen encefalitvirus patogenes, frågeställningar som studeras är: hur virus tar sig in i hjärnan, vilket immunsvar som virus triggar och vilka virala och cellulära faktorer som bidrar till virustropism i hjärnan. Genom att använda olika cell kulturmodeller, musmodeller, helhjärne-avbildningstekniker samt transkriptomik och proteomik så besvaras dessa frågor.

Arbetsuppgifter

Institutionen för klinisk mikrobiologi, Umeå universitet, söker en forskningsingenjör inom bioinformatik. Den anställda kommer att vara aktiv i flera olika forskningsprojekt som avser att studera fästingvirus-värd interaktioner med RNA-transkriptomik framför allt från hjärnvävnad och primära hjärnceller.

Du kommer att ansvara för att bedriva den bioinformatiska analysen som en del av Överbys forskargrupp och i nära samarbete med olika medlemmar av forskargruppen.

Du kommer att:

• Analysera Parse singelcell RNA sekvenseringdata från hjärnceller.
• Analysera single nucli RNA sekvenseringdata för att designa paneler för spatial transkriptomik.
• Analysera samt visualisera spatial transkriptomik från infekterad mushjärna.
• Analysera och visualisera bulk RNA sekvenseringsdata.
• Samarbeta med olika personer i forskargruppen, delta i och bidra till vetenskapliga gruppmöten som involverar forskargruppen och dess medlemmar.
• Bidra till publicering av forskningsresultat. 
  
  

Kvalifikationer

Behörig att anställas som forskningsingenjör är den som har en kandidatexamen inom computational biology. Detta behörighetskrav ska vara uppfyllt senast vid den tidpunkt då beslut om anställning fattas.

Ett krav för anställningen är lång erfarenhet och skicklighet i programmering och statistiska analyser i R samt Phyton. Det vetenskapliga arbetet kräver god kännedom om single cell transkriptomics och bulk RNA analys samt förmåga att arbeta både självständigt och i grupp under ledning av gruppledaren.

Du som söker måste behärska flytande engelska i både tal och skrift samt ha en hög motivation gällande forskningsarbete. Eftersom projektet innebär samarbeten måste du också kunna arbeta produktivt i grupp. Utmärkta kommunikationsfärdigheter krävs för att effektivt kunna samarbeta med kollegor, inklusive kollegor från kompletterande forskningsområden. Du som söker måste också ha förmåga att självständigt analysera, utveckla metoder, utföra analyser och sammanfatta resultat.

Det förväntas att kandidaten har dokumenterat goda egenskaper för att arbeta i en grupp och med andra forskare. Du har också en strävan efter att utvecklas och ta till dig ny kunskap och metodologi inom till exempel virologi och spatial transkriptomik.

Meriterande 

Erfarenhet av bioinformatik analys av mus och humandata, CNS relaterad forskning och immuncells analys.

Erfarenhet av att undervisa och förmedla bioinformatikkunskap till andra.

Villkor

Anställningen är en tillsvidareanställning på heltid med 6 månaders provanställning. Tillträde enligt överenskommelse.

Ansökan ska innehålla:

1. Personligt brev som visar kvalifikationer och motivation sammanfattat på en A4-sida CV inklusive publikationslista
2. Publikationslista med relevant publikationer som är accepterade och ligger på preprint server
3. Styrkt kopia av relevanta examensbevis
4. Rekommendationsbrev och kontaktuppgifter till minst två referenspersoner
5. Övrig relevant information om din kompetens

Ansökan görs elektroniskt via Varbi, sista ansökningsdag är 2025-06-02

För ytterligare information, kontakta Anna Överby (anna.overby@umu.se)

Välkommen med din ansökan!