Staff Scientist inom Computational Metabolomik

Umeå Plant Science Centre (UPSC) är en av Europas starkaste forskningsmiljöer för växtgrundforskning och är värd för Swedish Metabolomics Centre (SMC; www.swedishmetabolomicscentre.se). Forskning vid UPSC täcker ett brett spektrum av discipliner inom växternas ekologi, genetik, fysiologi, biokemi, cellbiologi och molekylärbiologi (se www.upsc.se). Till institutionen för fysiologisk botanik, som är en del av Umeå Plant Science Centre, söker vi nu en staff scientist.

Arbetsbeskrivning

Denna position är en del av vårt nationella supportteam av experter inom SciLifeLab Metabolomics Platform (www.scilifelab.se/services/) som erbjuder riktade och icke-riktade masspektrometribaserade mätningar av små molekyler, vilket återspeglar metaboliter och exponeringar, och tillgodoser forskare inom livsvetenskap och biomedicin. Anställningen är samfinansierad av National Bioinformatics Infrastructure Sweden (NBIS; https://nbis.se) som utgör Bioinformatics Platform vid SciLifeLab (www.scilifelab.se), en nationell resurs som tillhandahåller avancerade storskaliga tekniker och kunnande inom biovetenskaperna.

Vi utökar nu vår kapacitet att stödja livsvetenskapsforskare inom metabolomik för att omvandla komplexa data till meningsfulla biologiska och kemiska tolkningar. Du kommer att bli en del av en nationell ”Computational Metabolomics Group” ett samarbete mellan Metabolomics och NBIS-plattformarna. Arbetet kommer att erbjuda utmärkta möjligheter att utveckla färdigheter för att ta itu med applikationsdrivna datavetenskapliga och bioinformatiska utmaningar inom metabolomik och även hantera multi-omik integration.

Arbetsuppgifter 

Vi söker en expert inom kemometri, data science och/eller bioinformatikverktyg och deras tillämpningar i analysen av metabolomikdata samt integrativ omik. Du kommer att ansvara för att stödja användare av Metabolomics-plattformen i dataanalyser, avancerad datadriven modellering, maskininlärning, multivariat analys och andra statistiska metoder. Denna roll kommer att tillhandahålla nationellt stöd till Swedish Metabolomics Centre (SMC), Chalmers Mass Spectrometry Infrastructure (CMSI), Exposomics Platform och Swedish NMR Centre. Genom att samarbeta nära med svenska forskargrupper kommer du att erbjuda dataanalytiskt stöd över ett brett spektrum av studier under en "fee for service"-modell.

Komplexiteten i dataanalysen kommer att variera beroende på de forskningsfrågor som ska besvaras. Exempel på forskningsfrågor inkluderar att studera metabolisk påverkan i olika biologiska modellsystem för att producera specifika fenotyper, upptäcka metabolitbiomarkörer relaterade till sjukdomar, livsstil eller kemisk exponering samt att undersöka reglering av metaboliska vägar i relation till sjukdomsutfall i storskaliga kohortstudier. Ansvarsområden inkluderar att planera och genomföra analyser, kommunicera direkt med användare inom akademin och industrin, skriva och presentera resultat och rapporter samt hålla sig uppdaterad om aktuella utvecklingar inom området. Dessutom innebär arbetet att tillhandahålla avancerad bioinformatikutbildning till den svenska metabolomikforskningsgemenskapen.

Rollen som staff scientist kommer att innefatta regelbundna interna och externa möten och utbildningsmöjligheter, samt tid för professionell utveckling och möjligheten att lära av ett mångsidigt team av kollegor vid NBIS och SciLifeLab Metabolomics Platform. Arbetet kommer att inkludera vissa resor till andra svenska universitet eftersom kunskapsutbyte är en integrerad del av vår verksamhet. Aktiviteter för professionell utveckling kommer att fokusera på att odla spetskompetens för analys av nuvarande och framväxande datatyper.

Kvalifikationer

Krav för anställningen:

• Doktorsexamen i bioinformatik, kemometri, metabolomik eller relaterade ämnen som arbetsgivaren anser vara relevanta för anställningen.
• Erfarenhet av avancerad dataanalys och modellering, inklusive statistik och multivariat dataanalys, av metabolomikdata från högkapacitetsmetoder med tillämpningar inom livsvetenskap.
• Stor förståelse och erfarenhet av att arbeta med masspektrometridata, inklusive biologisk tolkning av data för att förstå komplexa kemiska och biologiska system.
• Förmåga att självständigt utföra dataanalys och vetenskaplig deduktion baserad på metabolomikdata.
• Färdighet i ett skriptspråk som R, Python eller Matlab.
• Utmärkta kommunikationsfärdigheter på både skriftlig och talad engelska samt förmåga att samarbeta med forskare från olika bakgrunder.

Meriterande kvalifikationer för anställningen:

• Erfarenhet av avancerad integration av multi-omics data, såsom metabolomik, exposomik, proteomik, transkriptomik och mikrobiota.
• Erfarenhet av att arbeta med bilddata (t.ex. masspektrometriavbildning, cryo-EM).
• Expertis inom experimentdesign.

"Reproducible research" och "FAIR data" är centrala begrepp för oss, och expertis i utveckling av reproducerbar kod genom användning av koddelningsplattformar, arbetsflödesspråk och containerslösningar är en stark merit. Stor vikt kommer att läggas vid personlig lämplighet för anställningen, såsom förmågan att driva projekt och arbeta i en samarbetsinriktad men ändå serviceinriktad miljö. En vilja att lära sig nya metoder och snabbt förvärva nya färdigheter är viktigt för denna anställning. Hänsyn kommer att tas till hur sökandens erfarenhet och färdigheter kompletterar och stärker Computational Metabolomics Group och den vetenskapliga kunskapen inom NBIS och Metabolomicsplattformen i allmänhet.

Villkor

Anställningen är på heltid och tillsvidare. Provanställning 6 månader kan komma att tillämpas. Startdatum 2024-10-01 eller enligt överenskommelse. Umeå universitet tillämpar individuell lönesättning.

Ansökan

Ansökan ska innehålla:

• Ett personligt brev där du beskriver dig själv och dina forskningsintressen samt varför du är intresserad av och lämpad för anställningen.
• Curriculum vitae (CV) samt lista över publicerade vetenskapliga artiklar
• Verifierade kopior av betyg och examensbevis
• Övriga handlingar som den sökande vill åberopa

Du ansöker via vårt e-rekryteringssystem Varbi. Logga in och ansök via knappen längst ner på webbsidan. Alla bifogade dokument ska vara i MS Word eller PDF format. 

Välkommen med din ansökan senast 2024-09-02.

För mer information, vänligen kontakta Kate Bennett (katie.bennett@umu.se) eller Johannes Hanson (Johannes.hanson@umu.se).

Välkommen med din ansökan! 

Vi avböjer vänligt men bestämt alla försäljnings- och marknadsföringskontakter.