Postdoktor i klinisk virologi - Befattningen är under tillsättning eller redan tillsatt, och det är inte längre möjligt att lämna in en ansökan

Postdoktor 2 år, 100%, i klinisk virologi med inriktning mot metagenomic next-generation sequencing (mNGS) vid Pettersson & Tuiskunen-Bäcks laboratorium

Projektbeskrivning

Vi institutionen för klinisk mikrobiologi, Umeå universitet söker en motiverad postdoktor med intresse för sekvensering och virologi. 
Huvudhandledarna Lisa Pettersson och Anne Tuiskunen Bäck är båda forskare från Umeå universitet och kliniskt verksamma forskare vid Umeå Universitetssjukhus.

Projektet syftar till att utveckla metoder för metagenomiska next generation sequencing (mNGS) för diagnostik och epidemiologisk övervakning för att förhindra viruspandemier. Projektet är ett samarbete mellan Umeå Universitet, Region Västerbotten och ett nationellt samarbete inom Pandemic Laboratory Preparedness (PLP)-programmet vid SciLifeLab, ett initiativ från den svenska regeringen:

 https://www.scilifelab.se/news/the-clinical-genomics-platform-plays-an-important-role-in-technology-development-at-clinical-microbiology-laboratories/

https://www.pathogens.se/plp-program-background/

Projektet syftar till att utveckla och implementera mNGS metoder som använder en hybridinfångnings- och amplifieringsmetod för känslig och exakt detektion av virala patogener. Fokus kommer att ligga på två paneler:

1.) En omfattande anrikningspanel konstruerad med hjälp av > 3 000 virusspecies:
 https://www.pathogens.se/resources/ngs_surveillance/

2.) En fokuserad anrikningspanel för hantavirus för bred detektion och identifiering av hantavirusarter.

Avdelningen för klinisk mikrobiologi vid Umeå universitetssjukhus är det huvudsakliga svenska referenslaboratoriumet för hantavirusdiagnostik, vilket innebär utmärkta förutsättningar för forskning om hantavirus, som är ett av våra större forskningsområden. Vårt team samarbetar med andra ledande forskare inom pandemiberedskap och hantavirusforskning både lokalt och internationellt

Arbetsuppgifter

Postdoktorn kommer att få kunskap om genomisk sekvensering och bidra till utvecklingen av ett omfattande protokoll för genomisk sekvensering av PUUV och relaterade hantavirus. Postdoktorn kommer också att bidra till ökad nationell beredskap för potentiella hantavirus-pandemier, som erbjuder värdefulla insikter om beredskap för nya virala pandemier. Ett annat syfte med projektet är att konstruera en genomisk databas av PUUV-genotyper i Sverige vilket kommer att främja forskning om hantavirus virulens, sjukdomsmekanismer och överföringsmönster, och bidra till utvecklingen av diagnostiska verktyg.

Postdoktorn kommer att presentera och diskutera resultat med andra forskare inom och utanför gruppen samt aktivt delta i att sammanställa och publicera forskningsresultat.

Behörighet

Behörig att anställas som postdoktor är den som avlagt doktorsexamen, eller utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen, området biomedicin, medicin, mikrobiologi, molekylärbiologi, bioinformatik eller motsvarande (inom närliggande områden). Detta behörighetskrav ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas.

• Kompetens och erfarenhet inom NGS. En del av uppgifterna kommer att involvera laborationer, men det finns också en betydande teoretisk, modellerande och bioinformatisk aspekt. Det är viktigt att du besitter betydande praktiska bioinformatikkunskaper.
• Utmärkt kommunikationsförmåga, flytande engelska i tal och skrift
• Kunna arbeta självständigt, samarbeta  och vara  motiverad.
• Goda kunskaper i tidshantering och organisatorisk förmåga krävs.
•  Kunna fokusera på mål och resultat och vara villiga att anta vetenskapliga och metodologiska utmaningar.
• Erfarenhet av bioinformatik inom virologi inklusive erfarenhet av fylogenetiska analyser, kvasispecies inom viruspopulationer och viruskinetik.
• Erfarenhet av metagenomisk analys.

Meriterande

Eftersom anställning som postdoktor utgör en meriteringsanställning för juniora forskare, riktar vi oss främst till den som har en doktorsexamen som inte är äldre än tre år räknat från sista ansökningsdag. Om det finns särskilda skäl kan den komma i fråga som avlagt doktorsexamen tidigare. Med särskilda skäl avses ledighet på grund av sjukdom, föräldraledighet, klinisk tjänstgöring, förtroendeuppdrag inom fackliga organisationer eller andra liknande omständigheter, samt för ämnesområdet relevant tjänstgöring/uppdrag.

• Erfarenhet av hantering av smittämnen både i odlingskulturer och kliniska prover ses som meriterande.

Mer om anställningen

Anställningen är en tidsbegränsad anställning på heltid i 2 år enligt villkor i avtal om tidsbegränsad anställning som postdoktor från 1 februari 2022, med start enligt överenskommelse.

Institutionen för klinisk mikrobiologi  bedriver forskning och undervisning vid den medicinska fakulteten. Förutom institutionsgemensamma anslag för forskning och utbildning har institutionens forskargrupper ett stort antal nationella och internationella forskningsprojekt med extern finansiering. Vi är en internationell arbetsplats med medarbetare från ett stort antal länder. Institutionens verksamhet har snabbt expanderat under de senaste åren, inte minst beroende på forskning kring Covid-19.

Vi finns även på Twitter och Facebook

Ansökan ska innehålla:

• En kort beskrivning av forskningsintressen och motivering till varför du är intresserad av anställningen.
• CV
• Publikationslista, inklusive preprints, helst med en kort beskrivning av ditt bidrag till dina viktigaste artiklar.
• Examensbevis från forskarutbildning samt andra relevanta examina
• Kontaktinformation till två referenspersoner

Ansökan ska vara skriven på svenska eller engelska. Ansökan ska göras via vårt e-rekryteringssystem Varbi och vara inkommen senast den 2024-02-08.  Dokument som skickas elektroniskt måste vara i PDF-format.

Ytterligare information 

Lisa Pettersson lisa.pettersson@umu.se telefonnummer: +46(0)70-2708311
Anne Tuiskunen Bäck anne.tuiskunen@umu.se telefonnummer: +46((0)70-6398559

Välkommen med din ansökan!