Första forskningsingenjör: Bioinformatiker till UPSCs Bioinformatikplattform med expertis inom växtinfektionsbiologi

Institutionen för Fysiologisk botanik
Sista ansökningsdag: 2024-01-04

Din framtida arbetsplats 

Institutionen för Fysiologisk botanik är värd för den största bioinformatiska sektionen vid Umeå universitet med över 20 bioinformatiker och den Svenska Metabolomikfaciliteten (SMC). Du kommer att arbeta i en grupp av bioinformatiker som både hjälper andra forskare med olika analyser samt utvecklar området själva. Bioinformatikgruppen arbetar med projekt inom alla områden av livsvetenskaperna. Institutionen för Fysiologisk botanik är en del av Umeå Plant Science Centre (UPSC) med totalt över 200 forskare i mer än 35 forskargrupper som bedriver ledande tvärvetenskaplig forskning i en samarbetsinriktad miljö. Vi är också en betydelsefull partner i Kemiskt-Biologiskt Centrum (KBC), ett centrum för livsvetenskaper som huserar flera nationella instrument- och teknikplattformar. För mer information om att arbeta vid Umeå universitet läs mer här: https://www.umu.se/jobba-hos-oss/.

Arbetsuppgifter

Ditt arbete kommer att omfatta dataanalys och vetenskaplig slutledning på en internationellt konkurrenskraftig nivå, samt att vara en drivkraft för bioinformatik inom forskarutbildningen. De huvudsakliga arbetsuppgifterna är att:

• Utföra avancerade dataanalyser inom prioriterade datadrivna projekt
• Potentiellt utveckla verktyg och arbetsflöden för en mängd olika analyser
• Utbilda andra forskare inom bioinformatik genom samarbete inom projekt, avancerade kurser och konsultationer
• Kontinuerligt utveckla och förbättra UPSCs bioinformatiksplattform

Kvalifikationskrav

Vi söker en bioinformatiker med en stark bakgrund och intresse inom växtinfektionsbiologi. För att vara en kvalificerad sökande ska du ha:

(i) en doktorsexamen inom bioinformatik eller datavetenskap, eller motsvarande
(ii) omfattande (5+ år) erfarenhet av att utföra avancerade vetenskapliga analyser på storskaliga dataset, och förmågan att utföra storskalig molekylär dataanalys och vetenskaplig slutledning på en internationellt konkurrenskraftig nivå. Tekniska kompetenser av särskilt intresse är HTS-dataanalys, dataminering, dataintegrering, datavisualisering, samt genomik och metagenomik av mikroorganismer.
(iii) färdighet i terminalbaserat arbete i en Linuxmiljö och avancerad skriptprogrammering i skriptspråk Python och R.
(iv) mycket goda muntliga och skriftliga kommunikationsfärdigheter på engelska, och
(v) starka färdigheter i samarbete och kommunikation.
(vi) erfarenhet av att utbilda andra forskare och att utveckla avancerade kurser.

Ytterligare kvalifikationer

Postdoktorala studier är meriterande men inte ett krav. Erfarenhet av avancerade bioinformatiska studier av växtpatologi, eller storskaliga mikrobiella studier är en stark merit. Avancerade dataintegrationsmetoder, och erfarenhet av att använda avancerade statistiska och/eller maskininlärningsmetoder är också meriterande, liksom starka färdigheter i experimentell design. Reproducerbar forskning och "FAIR” data är centrala koncept för oss, och dokumenterade färdigheter i utveckling av reproducerbar kod genom att använda koddelningsplattformar, arbetsflödesspråk och containerlösningar är en merit.

Anställningsvillkor

Anställningen är på heltid och tillsvidare. Provanställning 6 månader kan komma att tillämpas. Startdatum 2024-02-01 eller enligt överenskommelse.

Ansökan

Din ansökan bör innehålla

• Ett personligt brev, max 2 sidor, inklusive en motivering till varför du söker detta arbete
• CV med publikationslista
• Doktorsexamensbevis

Du ansöker via vårt rekryteringssystem Varbi. Sista ansökningsdag är 2024-01-04

Kontakt

Nathaniel Street, Inst. för fysiologisk botanik, nathaniel.street@umu.se