Postdoktor (2 år) inom jämförande genomik

En postdoktorsanställning utannonseras härmed vid Institutionen för fysiologisk botanik vid Umeå universitet, som är en del av Umeå Plant Science Center (se www.upsc.se). Tjänsten finansieras av ett genomprojekt för gran och tall. 

Anställningen är på heltid under två år och ingår i Nathaniel Streets forskargrupp (http://streetlab.upsc.se). Anställningen kan tillträdas omgående eller enligt överenskommelse.

Arbetsuppgifter

Postdoktorn kommer att arbeta med bioinformatik i en gemensam forskningsmiljö vid Institutionen för fysiologisk botanik och i samarbete med forskargrupper vid SciLifeLab (Science for Life Laboratory), National Bioinformatics Infrastructure Sweden (NBIS) och genomprojektets arbetsgrupp. Arbetet kommer att involvera analys av epigenetikdata och jämförande genomiska analyser inklusive av proteinkodande gener, icke-kodande RNA, pseudogener och repetitiva element (främst LTR) förutom allmän bioinformatisk analys och stöd. Det kommer att läggas tonvikt på kromatinkonformationens roll i genreglering och synteny och jämförande uttrycksanalyser med hjälp av RNA-Seq-data, vilket kommer att inkludera användningen av samuttrycksnätverk. Tillgängliga projektdata inkluderar Illumina RNA-Seq, PacBio Iso-Seq, Ribo-Seq, Hi-C, ATAC-Seq och DNA-metyleringsprofilering. Arbetsuppgifterna kommer att omfatta dataanalys, resultattolkning och att skriva original forskningspublikationer.

Kvalifikationer 

För att anställas med stöd av postdoktoravtalet krävs avlagd doktorsexamen eller en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen. Detta behörighetskrav ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas.

För att anställas med stöd av postdoktoravtalet bör främst den komma ifråga som har avlagt examen enligt föregående stycke för högst tre år sedan. Om det finns särskilda skäl kan den komma i fråga som avlagt doktorsexamen tidigare. Med särskilda skäl avses ledighet på grund av sjukdom, föräldraledighet, förtroendeuppdrag inom fackliga organisationer, tjänstgöring inom totalförsvaret, eller andra liknande omständigheter samt klinisk tjänstgöring eller för ämnesområdet relevant tjänstgöring/ uppdrag. Postdoktor som ska undervisa eller handleda ska ha relevant högskolepedagogisk utbildning.

Doktorsexamen ska vara inom bioinformatik, molekylärbiologi, beräkningsbiologi, växtvetenskap eller motsvarande. 

Erfarenhet och kunskap av att implementera effektiva högpresterande klusterpipelines är ett krav och du måste vara kompetent i jobbschemaläggningssystem. Erfarenhet av komplext skript (i t.ex. python, bash etc.) krävs samt implementering av reproducerbara pipelines med hjälp av koddelningsplattformar (till exempel Git, som används flitigt i projektet). God muntlig och skriftlig kommunikationsförmåga på engelska samt en vilja att lära sig nya färdigheter och att arbeta tillsammans med andra är också avgörande.

Meriterande kvalifikationer inkluderar erfarenhet av något av följande: analys av höggenomströmningssekvenserande genuttrycksdata, helgenomsekvensanpassning och syntenyanalys, analys av icke-kodande RNA och/eller pseudogener inklusive metoder för funktionell annotering, upprepad analys, differentiell uttrycksanalys, transkript/alternativ splitsning analys och samuttryck nätverk slutledning och analys. Vidare är skicklighet i R-programmering för dataanalys och visualisering önskvärt. Erfarenhet av att arbeta med växtarter, i synnerhet icke-modellarter, i synnerhet arter med stora genom, är även önskvärt. All utvecklad kod kommer att följa principen om öppen vetenskap och måste följa transparenta och reproducerbara forskningsprinciper. Exakta detaljer i analysen som ska utföras är flexibla och kan anpassas för att matcha den valda kandidatens kvalifikationer och intresse.

Ansökan

Ansökan skall innehålla: 

• CV.
• Ett personligt brev som innehåller en beskrivning av dig själv, dina tidigare relevanta forskningsprestationer, anledningen till att du söker denna tjänst samt länkar till demonstrerade exempel på implementerade verktyg och koder (max 2 sidor).
• Styrkt kopia av doktorsexamensbevis eller dokumentation som styrker när doktorsexamen förväntas erhållas.
• En lista över publikationer inklusive en länk till din doktorsavhandling.
• Vidimerade kopior av betyg och examensbevis.

Ansökan ska vara skriven på engelska eller svenska. Ansökan görs genom vårt elektroniska rekryteringssystem. Handlingar som skickas elektroniskt ska vara i formaten Word eller PDF. Ansök via knappen längst ner på sidan. Sista ansökningsdag är 2023-09-13.

Villkor

Anställningen avser heltid och är tidsbegränsad till två år. Tillträde enligt överenskommelse.

Kontakt

Vid frågor om anställningen, vänligen kontakta Dr Nathaniel Street, nathaniel.street@umu.se eller +46-(0)70-322 0136.

Välkommen med din ansökan!