Doktorand i medicinsk vetenskap inom bioinformatik, beräkningsmetoder - Befattningen är under tillsättning eller redan tillsatt, och det är inte längre möjligt att lämna in en ansökan

Vi söker en doktorand till institutionen för klinisk mikrobiologi inom medicinsk vetenskap med inriktning mot bioinformatik. Vi erbjuder en internationell, stimulerande och samarbetsorienterad forskarmiljö där din vetenskapliga karriärutveckling främjas.

Projektet innebär att utveckla beräkningsmetoder som kan underlätta upptäckten av nya SM:er från miljontals mikrobiella (meta). Du blir en del av en forskargrupp som samarbetar med andra ledande forskare. Vår målsättning är att erhålla ny, banbrytande kunskap som möjliggör utveckling inom bioinformatikens område.

Doktorandprojektet

Mikrobiell (meta)genombrytningsmetoder för läkemedelsupptäckt.

Sekundära metaboliter (SM) som produceras av mikrober har kritiskt viktiga roller i  människors hälsa, inklusive som väsentliga terapier (t.ex. antimikrobiella medel, anticancermedel). (Meta)genomiska data härledda från mikrober erbjuder således en enorm potential som reservoar för nya SM:er; exakta, skalbara in silico-metoder är dock nödvändiga för att utnyttja sådan data för SM-upptäckt. Du kommer att utveckla och tillämpa bioinformatiska verktyg, som kan underlätta upptäckten av nya SM:er från miljontals mikrobiella (meta)genom tillgängliga i offentliga databaser.

Du som antas till utbildning på forskarnivå vid Medicinska fakulteten ingår i det fakultetsgemensamma forskarutbildningsprogrammet. Programmet omfattar 25 hp och erbjuds i två studietakter: 25 hp över 8 terminer (totalt 4 år) respektive över 12 terminer (totalt 6 år), med programstart varje höst- och vårtermin. Mer information om programmet går att finna på fakultetens hemsida för utbildning på forskarnivå (Utbildning på forskarnivå vid Medicinska fakulteten - handbok (umu.se)).

Behörighet och kvalifikationer

Du ska ha minst 240 högskolepoäng (hp), varav minst 60 hp på avancerad nivå, Sökande måste vara skicklig i både muntlig och skriftlig kommunikation på engelska, kunna arbeta självständigt såväl som i samarbete med andra och vara mycket motiverad.

Särskilt meriterande

Examen inom bioinformatik, beräkningsbiologi, datavetenskap eller ett närliggande område; kandidater från andra områden med starka programmerings-/kodningskunskaper.  Behärska programmeringsspråk, helst Python eller R. Bekväm med att arbeta i en mångsidig, inkluderande, tvärvetenskaplig. Kunna navigera i UNIX-filsystem från kommandoraden av dator i HPC-miljöer Kunskap inom JavaScript eller relaterade språk (t.ex. Vega, Shiny) Tidigare kurser eller forskningserfarenhet inom biologiska vetenskaper. Tidigare erfarenhet av mjukvaruutveckling.

Ytterligare information

Tjänsten finansieras via SciLifeLab och Wallenbergs nationella program för datadriven livsvetenskap (DDLS; https://www.scilifelab.se/data-driven/), en 12-årig satsning som syftar till att rekrytera och utbilda nästa generation av datadrivna livsforskare. Förutom att vara knuten till institutionen för klinisk mikrobiologi vid Umeå universitet (https://www.umu.se/en/department-of-clinical-microbiology/) kommer du att vara knuten till det nationella DDLS-programmet, genom vilket de kommer att ha tillgång till datorresurser, den nationella DDLS-forskarskolan och andra utbildnings- och nätverksmöjligheter.

Du kommer att vara vidare knuten till Laboratoriet för molekylär infektionsmedicin Sverige (MIMS; https://www.mims.umu.se/). MIMS är medlem i det nordiska EMBL Partnership for Molecular Medicine, som är dedikerat till det växande området för livsvetenskaper som undersöker den molekylära grunden för sjukdomar och utforskar molekylärt och genetiskt baserade behandlingar.

Ansökan ska innehålla:

Handlingar som skickas ska vara i word eller pdf-format.
Ansökan görs elektroniskt via Varbi.
Sista ansökningsdag 23 april- 2023

Curriculum vitae på högst två A4 Följebrev på högst ett A4 som anger varför du är intresserad av tjänsten Bestyrkta kopior av examensbevis, inklusive dokumentation av genomförda akademiska kurser och erhållna betyg; Namn och kontaktuppgifter till minst två referenspersoner

Övrig information

Anställningen är tidsbegränsad till fyra år med start snarast. Löneinplacering sker enligt fastställd lönestege för doktorandanställning. Enligt Högskoleförordningen (12 kap, 2§) kan beslutet om anställning inte överklagas. För mer information, kontakta Laura Carroll (laura.carroll@umu.se).

Välkommen med din ansökan!