Första forskningsingenjör inom jämförande genomik - Befattningen är under tillsättning eller redan tillsatt, och det är inte längre möjligt att lämna in en ansökan

Anställningen är vid institutionen för fysiologisk botanik vid Umeå universitet, som är en del av Umeå Plant Science Center (se www.upsc.se). Anställningen finansieras av ett genomprojekt för gran och tall och är på heltid och tidsbegränsad under två år med start omgående eller enligt överenskommelse. För mer information om forskargruppen, se: http://streetlab.upsc.se. 

Arbetsuppgifter

Du kommer att arbeta med bioinformatik i en gemensam forskningsmiljö vid institutionen för fysiologisk botanik och i samarbete med forskargrupper vid SciLifeLab (Science for Life Laboratory), National BioInformatics Service (NBIS) och genomprojektets arbetsgrupp. Arbetet kommer att involvera att utföra jämförande genomikanalys inklusive av proteinkodande gener, icke-kodande RNA, pseudogener och repetitiva element (främst LTR) förutom allmän bioinformatisk analys och stöd. Det kommer att läggas tonvikt på syntes och jämförande uttrycksanalyser med hjälp av RNA-Seq-data, vilket kommer att inkludera användningen av expressionsnätverk. Tillgänglig projektdata inkluderar Illumina RNA-Seq, PacBio Iso-Seq, Ribo-Seq, Hi-C, ATAC-Seq och DNA-metyleringsprofilering.

Kvalifikationer 

För att vara kvalificerad för anställningen måste du ha en doktorsexamen inom bioinformatik, molekylärbiologi, växtbiologi eller motsvarande. Du ska ha god kunskap och erfarenhet i att implementera effektiva högpresterande ”cluster pipelines”, erfarenhet av schemaläggningssystem och att skapa och hantera databaser. Du ska också ha erfarenhet av att ha arbetat med komplexa skript (i till exempel Python, C etc.) och dokumenterad erfarenhet och kunskap inom utveckling av analys-pipelines med hjälp av ”codesharing” (till exempel Git). Mycket god muntlig och skriftlig förmåga att uttrycka dig på engelska, en vilja att lära sig nya färdigheter och att samarbeta är avgörande för anställningen. Eftersom du kommer att erbjuda allmänt stöd i bioinformatik till hela institutionen krävs dokumenterad erfarenhet av bred kunskap inom bioinformatik.

Meriterande för anställningen är erfarenhet av analys av ”high thoughput”-sekvensering [SF1] för genuttrycksanalys, helgenomsekvensjämförelser och analys av synteni, analys av icke-kodande RNA och/eller pseudogener och metoder för funktionell annotering, analys av repetetiva element, differentiell genexpressionssanalys, transkript/alternativ splicing och ”co-expression network” analyser. Vidare är skicklighet i R-programmering och dataanalys en önskvärd kvalifikation. Erfarenhet av att arbeta med olika växtarter, i synnerhet icke-modellarter eller arter med stora genom, är vidare önskvärt. För att göra resurser från dessa genomprojekt publikt tillgängliga är erfarenhet av ”full stack development” värdefull (t.ex. php, node.js, MySQL, HTML5, JavaScript). All kod som utvecklas kommer att göras fritt tillgänglig och måste följa principer för transparens och reproducerbarhet. 

Ansökan

Ansökan skall innehålla: 

• CV.
• Ett personligt brev som innehåller en beskrivning av dig själv, dina tidigare relevanta forskningsprestationer, anledningen till att du söker denna anställning samt länkar till demonstrerade exempel på implementerade verktyg och koder.
• En lista över publikationer inklusive en länk till din doktorsavhandling.
• Vidimerade kopior av betyg och examensbevis.

Du ansöker via vårt e-rekryteringssystem. Ansök via knappen längst ner på sidan. Sista ansökningsdag är 5 maj 2022.

Villkor

Anställningen avser heltid och är tidsbegränsad till 2 år. Tillträde enligt överenskommelse.

Kontakt

Vid frågor om anställningen, vänligen kontakta Dr Nathaniel Street, nathaniel.street@umu.se eller +46-(0)70-322 0136.

Välkommen med din ansökan!