Första forskningsingenjör inom genomassembly och bioinformatik - Befattningen är under tillsättning eller redan tillsatt, och det är inte längre möjligt att lämna in en ansökan

Umeå Plant Science Center (UPSC) är en av Europas starkaste forskningsmiljöer för växtgrundforskning inbegripande forskning om växternas ekologi, genetik, cellbiologi, molekylärbiologi och fysiologi (se www.upsc.se).Vi söker en förste forskningsingenjör vid Institutionen för fysiologisk botanik, som är en del av Umeå Plant Science Centre. Anställningen är på heltid och tillsvidare. Start 1 september 2020 eller enligt överenskommelse. Provanställning kan komma att tillämpas.

Arbetsuppgifter:

Du kommer att arbeta med bioinformatik vid institutionen för fysiologisk botanik, Umeå universitet, och i ett samarbete med forskargrupper vid SciLifeLab (Science for Life Laboratory), NBIS (National BioInformatics Service) och arbetsgruppen för gran- och tallgenomprojektet. Arbetet kommer att omfatta utveckling och implementering av ett arbetsflöde för genomassembly och tillhörande genomanalys, i tillägg till mer generell bioinformatisk analys och support. All källkod i projektet kommer att göras offentlig och måste följa principer kring transparent och reproducerbar forskning.

Kvalifikationer:

Du har doktorsexamen inom bioinformatik eller motsvarande, samt postdoktoral erfarenhet. Det krävs att du har omfattande erfarenhet av genomassembly med sekvenseringsdata från Pacific Bioscience och/eller Oxford Nanopore. Erfarenhet av att utveckla effektiva arbetsflöden i HPC-miljö (High Performance Computing), samt god kunskap om associerade kösystem och databashantering är också krav. Vidare är det också ett krav att du har erfarenhet av att skriva komplexa skript (i till exempel Python) och kan visa upp dokumenterad erfarenhet och expertis av att utveckla arbetsflöden för reproducerbar analys som i sin tur delas offentligt på plattformar för delning av kod (till exempel Github). Vidare krävs utmärkta färdigheter inom R-programmering och dataanalys. Erfarenhet av att arbeta med heterozygota och fragmenterade genomassemblies är mycket meriterande. Dokumenterad erfarenhet av hantering av RNA-sekvenseringsdata, inklusive co-uttrycksnätverk och transkriptanalys, för att kunna offentliggöra resurserna från dessa genomprojekt är erfarenhet inom full-stack utveckling mycket önskvärt (till exempel php, node.js, MySQL, HTML5, JavaScript). Utmärkt förmåga att kommunicera både i tal och skrift, mycket bra engelska kunskaper, en vilja att lära sig nya färdigheter och att samarbeta i grupp är av största vikt. Då du kommer att arbeta med generell bioinformatiksupport inom institutionen, är bred kunskap kring bioinformatisk analys ett krav.

Ansökan

Ansökan ska innehålla:

• Ett personligt brev där du beskriver dig själv och dina forskningsintressen samt en motivering till varför du är intresserad av och är lämplig för tjänsten. Du ska även bifoga länkar till exempel på implementerade verktyg och koder som du har producerat.
• Curriculum vitae (CV) Lista över publicerade vetenskapliga artiklar Verifierade kopior av betyg och examensbevis
• Kopior på relevanta arbeten som avhandlingar eller publikationer
• Kontaktuppgifter till minst tvåreferenspersoner

Du ansöker via vårt e-rekryteringssystem. Logga in och ansök via knappen längst ner på webbsidan. Välkommen med din ansökan senast 2020-08-03. Alla bifogade dokument ska vara i MS Word eller PDF format.

För mer information, vänligen kontakta universitetslektor Nathaniel Street, +46-(0)90-786 5473, nathaniel.street@umu.se.

Välkommen med din ansökan!