Postdoktor (2 år) inom storskalig analys av sekvenseringsdata - Befattningen är under tillsättning eller redan tillsatt, och det är inte längre möjligt att lämna in en ansökan

Institutionen för klinisk mikrobiologi söker en postdoktor som ska arbeta med att utveckla nya analysmetoder för genomanalys. Anställningen avser heltid under två år med tillträde 1:a maj 2026, eller enligt överenskommelse.

Projektbeskrivning

Du kommer vara baserad i Laura Carroll’s grupp (www.microbe.dev) och samarbeta nära med Johan Henriksson grupp (www.henlab.org). Laura Carrolls grupp är associerad med det nationella DDLS (Data-Driven Life Science; https://www.scilifelab.se/data-driven/) programmet. Syftet med projektet är att kombinera matematisk modellering av celler med storskalig analys av sekvenseringsdata, främst från nya sorters single-cell-metoder utvecklade i labbet, för att utföra datadriven analys.

Arbetsuppgifter

Du kommer arbeta i grupp samt självständigt för att formulera och testa nya matematiska/bioinformatiska modeller på data. Gruppen har ett antal ledtrådar till vilka modeller som troligen ger bra resultat men är även öppen för nya idéer. Gruppen använder ett flertal programmeringsspråk för implementation (R, Python, Rust) men eftersom du kommer jobba tillsammans med andra så förväntas du inte kunna alla aspekter; däremot kommer stor vikt läggas på vilka produktiva synergier du kan bidra till inom gruppen. Undervisning (max 20%) kan eventuellt ingå i tjänsten.

Kvalifikationer

För att anställas med stöd av avtal om tidsbegränsad anställning som postdoktor krävs avlagd doktorsexamen eller utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen i fysik. Detta behörighetskrav ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas.

För att anställas med stöd av postdoktoravtalet bör främst den komma ifråga som har avlagt examen enligt föregående stycke för högst tre år sedan. Om det finns särskilda skäl kan den komma i fråga som avlagt doktorsexamen tidigare. Med särskilda skäl avses ledighet på grund av sjukdom, föräldraledighet, förtroendeuppdrag inom fackliga organisationer, tjänstgöring inom totalförsvaret, eller andra liknande omständigheter samt klinisk tjänstgöring eller för ämnesområdet relevant tjänstgöring/uppdrag.

Stor vikt läggs vid en personlig motivation för att arbeta med forskning. Du är välorganiserad och oberoende, men uppskattar också att arbeta tillsammans i en samarbetsmiljö. Förmåga att kunna uttrycka sig skriftligt och muntligt på engelska är ett krav. Personlig lämplighet kommer att bedömas i hög grad.

Kandidaten ska ha dokumenterad erfarenhet av följande:

• Programmering i Python
• Unsupervised machine learning inklusive minst ett ramverk för deep learning (t.ex. PyTorch)
• Matematisk modellering av biologiska system
• Analys av transkriptom eller närliggande modalitet

Vidare är det meriterande om kandidaten har erfarenhet av

• Analyser av andra former av NGS-data

Ansökan

En fullständig ansökan ska innehålla

• Personligt brev där du beskriver din erfarenhet av matematisk modellering av biologiska system, samt inkluderar en länk till din kod på GitHub eller motsvarande,
• Meritförteckning - CV med publikationslista,
• Styrkt kopia av doktorsexamensbevis eller dokumentation som styrker när doktorsexamen förväntas erhållas,
• Styrkta kopior av andra examensbevis, akademiska kursintyg och/eller betyg,
• Kopia av doktorsavhandling och maximalt 4 relevanta artiklar,
• Övriga handlingar som den sökande vill åberopa.
• Kontaktuppgifter till två vidtalade referenser.

Ansökan ska vara skriven på engelska eller svenska. Ansökan görs genom vårt elektroniska rekryteringssystem. Handlingar som skickas elektroniskt ska vara i formaten Word eller PDF. Logga in på systemet och ansök via knappen i slutet av denna sida. Sista ansökningsdag är 16 april 2026. Närmare upplysningar lämnas av Laura Carroll, laura.carroll@umu.se