Postdoktor (2 år) inom växtgenomik med fokus på transposonerbara element

Om projektet

Con-TEki undersöker transposerbara element (TE) som drivkraft för regulatorisk innovation hos barrträd (gran och tall) och jämför med angiospermen asp. Projektet kombinerar genomisk, epigenomisk och 3D-kromatinprofilering (ATAC-Seq, easySHARE-Seq, ChIP-Seq, Micro-C/Hi-C, BS-Seq/EM-Seq), storskaliga enhancer-assays (ATAC-STARR-seq) och jämförande/bayesianska/djupinlärningsanalyser, med funktionell validering i gran via CRISPR-Cas9 och nanopartikelteknik.

Postdoktorn kommer att ansluta sig till professor Nathaniel R. Streets team vid UPSC, där denne kommer att arbeta nära Laszlo Bakó (molekylärbiologi) och Torgeir R. Hvidsten (jämförande genomik). Forskningsmiljön ger omfattande stöd för storskalig multiomisk datagenerering/analys och transformations-/embryogenestjänster för funktionell validering. Nathaniel är också biträdande gruppledare vid Science for Life Laboratory (SciLifeLab) och Integrated Science Lab (IceLab), vilket ger tillgång till ett mycket samarbetsinriktat och tvärvetenskapligt forskningsnätverk.

Arbetsuppgifter

• Designa och genomföra våtlaboratorie- och/eller beräkningsmässiga arbetsflöden inklusive:
  - Profilering av öppet kromatin, histonmarkeringar, metylering och kromatinkonformation under vedutveckling och torkstress i gran/tall.
  - Bygga integrativa analyser som länkar TE-deriverade cis-regulatoriska element (TE CRE) till genuttrycksdivergens inom och mellan arter.
  - Implementera ATAC STARR-sekvensering för att validera förstärkaraktivitet; kartlägga förstärkar-promotorlänkar via loop-/TAD-strukturer.
  - Utföra jämförande analyser mot Populus tremula; tillämpa nätverksmodellering och maskininlärning för regulatorisk inferens.
  - Funktionell validering av kandidat-TE CRE i gran med hjälp av UPSC-transformations- och somatisk embryogenespipelines; utvärdera torkfenotyper.
  
  
• Sammanställa, dokumentera och analysera stora, multiomiska datamängder; säkerställa reproducerbarhet och FAIR-datahantering.
• Leda manuskriptförberedelser för tidskrifter med hög genomslagskraft; presentera vid interna seminarier och internationella konferenser.
• Handleda doktorander och bidra till samarbete

Kvalifikationskrav

För att anställas med stöd av avtal om tidsbegränsad anställning som postdoktor krävs avlagd doktorsexamen eller utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen. Detta behörighetskrav ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas.

För att anställas med stöd av postdoktoravtalet bör främst den komma ifråga som har avlagt examen enligt föregående stycke för högst tre år sedan. Om det finns särskilda skäl kan den komma i fråga som avlagt doktorsexamen tidigare. Med särskilda skäl avses ledighet på grund av sjukdom, föräldraledighet, förtroendeuppdrag inom fackliga organisationer, tjänstgöring inom totalförsvaret, eller andra liknande omständigheter samt klinisk tjänstgöring eller för ämnesområdet relevant tjänstgöring/uppdrag.

Doktorsexamen ska vara inom växtmolekylärbiologi, genomik/bioinformatik, systemgenetik eller närbesläktat område.

Påvisbar expertis inom minst två av:

• Högkapacitetssekvenseringsanalyser (ATAC Seq, ChIP Seq, BS Seq/EM Seq, RNA Seq); bibliotekspreparering och kvalitetskontroll.
• Kromatinkonformation (Hi C/Micro C) och analys av TAD:er/fack/loopar.
• Beräkningsgenomik: samuttrycksnätverk, jämförande genomik/ortologi, ML/DL för regulatorisk inferens.
• Växttransformation/CRISPR och fenotypning i barrträd eller vedartade arter.

Stark publikationshistorik i proportion till karriärstadiet; utmärkt vetenskapligt skrivande och kommunikation. Goda kommunikationsfärdigheter i engelska (tal och skrift) krävs.

Meriter

Erfarenhet av segmental duplicering/WGD-analyser, TE-annotering och motiv-/fotavtrycksinferens.

• Erfarenhet av segmental duplicering/WGD-analyser, TE-annotering och motiv-/fotavtrycksinferens.
• Bekantskap med ATAC STARR-sekvensering eller andra MPRA-metoder; integration av förstärkaraktivitet med 3D-genomfunktioner.
• Tidigare arbete med torkstressresponser, träutveckling eller barrträdssystem (gran/tall).
• Kunskap om HPC-arbetsflöden och reproducerbara pipelines; engagemang för öppen vetenskap/FAIR.

Anställningsvillkor

Anställningen är på heltid och tidsbegränsad i två år. Startdatum snarast möjligt eller enligt överenskommelse.

Ansökan

Skicka in din ansökan via Umeå universitets rekryteringssystem. Sista ansökningsdag är den 11 februari, 2026. Bifoga:

• CV och publikationslista
• Personligt brev (max 2 sidor) med motivering till varför du passar för Con-TEki och önskad inriktning (laborativ vs bioinformatisk; forskningsintressen)
• Namn och kontaktuppgifter till 2–3 referenspersoner
• Examensbevis för doktorsexamen (eller förväntat examensdatum)

Urvalsprocess

Ansökningar bedöms utifrån vetenskaplig excellens, metodologisk matchning till Con-TEki, samarbetsförmåga och potential att bidra till högkvalitativa resultat. Utvalda kandidater kan bli ombedda att presentera tidigare arbete och en kort forskningsplan i linje med Con-TEki.