Postdoktor 2 år inom encellig RNA-sekvensering av infekterande bakterier

Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskaplig fakultet

Umeå universitet är ett av Sveriges största lärosäten med över 37 000 studenter och cirka 4 700 anställda. Vid universitetet finns en mångfald av utbildningar av hög kvalitet och världsledande forskning inom flera vetenskapsområden, och här gjordes den banbrytande upptäckten av gensaxen CRISPR-Cas9 som tilldelats Nobelpriset i kemi. Vid Umeå universitet är allt nära. Våra sammanhållna campus gör det lätt att mötas, samarbeta och utbyta kunskap, något som gynnar en dynamisk och öppen kultur.

Den samhällsomvandling och de stora gröna investeringar vi ser i norra Sverige skapar enorma möjligheter och komplexa utmaningar. För Umeå universitet handlar det om att bedriva forskning om – och mitt i – ett samhälle i omvandling. Men också om att leverera utbildningar för regioner som behöver expandera fort och hållbart. Det är helt enkelt här framtiden skapas.

Är du intresserad av att veta mer? Läs mer om Umeå universitet som arbetsplats.

Institutionen för Molekylärbiologi söker en postdoktor som ska arbeta med utveckling och tillämpning av singelcelltranskriptomik på bakterier för att utforska bakteriers reaktioner och anpassning. Projektet är multidisciplinärt och involverar toppmodern mikrofluidik, molekylär barkodning, dataanalys och mikrobiologitekniker. Forskningen kommer att genomföras i nära samarbete mellan Linas Mazutis och Kemal Avicans laboratorier. Anställningen avser heltid under två år med tillträde 1 Juli, 2024 eller enligt överenskommelse.

Projektbeskrivning

Singelcell bakteriegenomik och transkriptomik har stor potential att leda till ökad förståelse av mikrobiologins värld, upptäcka nya enzymatiska aktiviteter och identifiera antibiotikaresistens med mera. Bakterie populationer uppvisar stor heterogenitet, vilket gör att distinkta subpopulationer kan frodas i olika miljöer. Denna miljö inducerade heterogenitet får bakterier att svara genom unika transkriptions program, vilket är en stor experimentell utmaning när det kommer till att analysera individuella celler på ett exakt sätt. Nya framsteg inom encellstekniker, särskilt singel cell RNA-sekvensering (scRNA-seq), erbjuder ett kraftfullt sätt att analysera cellulär heterogenitet under infektion och där urskilja subpopulations variationer som påverkar resultatet för individuella celler. En svaghet med nuvarande scRNA-seq-metoder för bakterier är det låga antalet celler som sekvenseras och det låga antalet transskript som detekteras i varje cell. Vårt primära mål är därför tvåfaldigt: 1) att utveckla en ny RNA-sekvenserings teknologi med hög genomströmning som är skräddarsydd för enskilda bakterieceller, och 2) att tillämpa den på ett modellsystem (Yersinia sp.) för att bättre förstå genuttrycks dynamik som driver cell svar, anpassning och evolution.

Arbetsuppgifter

Postdoktorn förväntas engagera sig aktivt i forskning, delta i design och genomförande av experiment och dataanalys utveckling. Kandidaten kommer att leda etableringen av nya metoder i laboratoriet, samt presentera och publicera resultat för en bredare publik. Kandidaten förväntas också delta i forskningsrelaterade aktiviteter inom forskargruppen såsom seminarier, gruppmöten, journal Clubs, nationella och/eller internationella konferenser med mera.

Kvalifikationer

För att anställas med stöd av postdoktor avtalet krävs avlagd doktorsexamen eller en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen. Detta behörighetskrav ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas.

För att anställas med stöd av postdoktor avtalet bör främst den komma ifråga som har avlagt examen enligt föregående stycke för högst tre år sedan. Om det finns särskilda skäl kan den komma i fråga som avlagt doktorsexamen tidigare. Med särskilda skäl avses ledighet på grund av sjukdom, föräldraledighet, förtroendeuppdrag inom fackliga organisationer, tjänstgöring inom totalförsvaret, eller andra liknande omständigheter samt klinisk tjänstgöring eller för ämnesområdet relevant tjänstgöring/ uppdrag. Postdoktor som ska undervisa eller handleda ska ha relevant högskolepedagogisk utbildning.

Den sökande ska ha en doktorsexamen, eller en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen inom biokemi, molekylärbiologi eller mikrobiologi. Kandidaten bör vara tekniskt kunnig, skicklig i standard molekylärbiologi, biokemi och i att hantera kulturer av olika mikrobiella arter. Kandidaten bör ha tidigare erfarenhet av transkriptomisk eller genomisk biblioteks beredning och sekvensering. Tidigare erfarenhet av droppmikrofluidiksystem är meriterande, likaså utbildning i mikroskopi och flödescytometri. Kunskap och erfarenhet av programmeringsspråk som Python, Perl eller R är önskvärt.

Vi söker individer som är mycket motiverade och visar starkt engagemang för spetsforskning. Likaså förväntas effektiv kommunikationsförmåga för interaktion med kollegor, samt förmåga att arbeta effektivt i en team miljö.

Ansökan

En fullständig ansökan ska innehålla

- Personligt brev där du beskriver hur tidigare forskningserfarenhet passar in i det utlysta postdoktor projektet.

- Meritförteckning - CV med publikationslista.

- Styrkt kopia av doktors examensbevis eller dokumentation som styrker när doktorsexamen förväntas erhållas.

- Styrkta kopior av andra examensbevis, akademiska kursintyg och/eller betyg.

- Kopia av doktorsavhandling och maximalt sex relevanta artiklar.

- Övriga handlingar som den sökande vill åberopa.

- Kontaktuppgifter till två vidtalade referenser.”

Ansökan ska vara skriven på svenska eller engelska och görs via vårt e-rekryteringssystem Varbi och vara inkommen senast den 12 Juni 2024.

Mer information

För mer information om institutionen för molekylärbiologi vänligen besök vår hemsida https://www.umu.se/en/department-of-molecular-biology/ Närmare upplysningar om anställningen lämnas av Prof. Kemal Avican, kemal.avican@umu.se, eller Linas Mazutis, linas.mazutis@umu.se.

Välkommen med din ansökan!

Umeå universitet vill erbjuda en jämställd och jämlik miljö där öppna samtal mellan människor med olika bakgrund och perspektiv lägger grunden för lärande, skaparkraft och utveckling. Vi välkomnar därför personer med olika bakgrunder och erfarenheter att söka den aktuella anställningen.

Till bemannings- och rekryteringsföretag och till dig som är försäljare: Vi undanber oss vänligen men bestämt direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av ytterligare jobbannonser.