Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskaplig fakultet

Umeå universitet är ett av Sveriges största lärosäten med över 37 000 studenter och cirka 4 700 anställda. Vid universitetet finns en mångfald av utbildningar av hög kvalitet och världsledande forskning inom flera vetenskapsområden, och här gjordes den banbrytande upptäckten av gensaxen CRISPR-Cas9 som tilldelats Nobelpriset i kemi.

Vid Umeå universitet är allt nära. Våra sammanhållna campus gör det lätt att mötas, samarbeta och utbyta kunskap, något som gynnar en dynamisk och öppen kultur där vi gläds åt varandras framgångar. Är du intresserad av att veta mer om Umeå universitet som arbetsplats läs mer här

Forskningsingenjör till Institutionen för fysiologisk botanik 

Projektets namn
Bioinformatiker till UPSCs Bioinformatikplattform


Finansiering

Bioinformatikplattform (50%) & KAW barrträdsgenom projekt (50%)


Beskrivning av arbetsuppgifter
Umeå Plant Science Centre (UPSC) är världsledande inom växtfysiologi och skogsgenetik, där forskningen producerar stora mängder data som kräver bioinformatiska resurser och mjukvaror för analys. I din roll på UPSC:s bioinformatikplattform kommer du att ge stöd och service inom bioinformatik till forskargrupper och delta i olika typer av projekt.

Arbetsuppgifterna omfattar analys av High Throughput Sequencing (i huvudsak RNA-seq) data – det vill säga användning av vår pipeline för dataförbehandling, kvalitetskontroll, resultatframställning och presentation. I vissa fall blir du mer delaktig i vissa forskningsprojekt, till exempel genom att vid analysen samarbeta med forskare med mindre bioinformatikkompetens. I arbetsuppgifterna ingår också att utveckla pipelines för analys av NGS data, liknande vår RNA-Seq pipeline, med hjälp av nextflow, men också att utveckla machine learning. Du kommer att hjälpa biologer med att till exempel söka sekvenshomologer, annotera gener, utföra ”genome enrichment” analyser samt att hålla dig uppdaterad med de senaste teknikerna inom programvaror och verktyg. 


Kompetenskrav

Mastersexamen inom beräkningsbiologi, bioinformatik eller motsvarande krävs. Du är väl bekant med Unix/Linux och minst ett programmeringsspråk såsom Python, R, C eller C++. God samarbetsförmåga samt mycket goda kunskaper i engelska krävs. Du måste vidare ha mycket god förmåga att självständigt organisera och rapportera arbetet.


Övriga önskvärda kvalifikationer
Erfarenhet av NGS teknik, särskilt RNA-Seq och proteomik, samt kunskap inom datavetenskap och statistik är meriterande.


Villkor
Anställningen avser heltid och är tidsbegränsad till och med 2023-06-30. Tillträde 2023-01-02 eller enligt överenskommelse.


Ansökan

Ansökan skall innehålla (1) ett personligt brev (2) CV med full publikationslista och kopior på relevanta examen. 
 
Ansökan ska göras via e-rekryteringssystemet Varbi och vara inkommen senast 2022-11-24

För mer information var vänlig kontakta plattformsansvarig Dr. Nicolas Delhomme, nicolas.delhomme@slu.se alternativt Dr. Nathaniel Street nathaniel.street@umu.se   

 

Välkommen med din ansökan!

                                                                          

Anställningsform Särskild visstidsanställning
Anställningens omfattning Heltid
Tillträde 2023-01-02 eller enligt överenskommelse
Löneform Månadslön
Antal lediga befattningar 1
Sysselsättningsgrad 100 %
Ort Umeå
Län Västerbottens län
Land Sverige
Referensnummer AN 2.2.1-1675-22
Facklig företrädare
  • SACO, 090-7865365
  • SEKO, 090-7865296
  • ST, 090-7865431
Publicerat 2022-11-03
Sista ansökningsdag 2022-11-24

Tillbaka till lediga jobb