Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskaplig fakultet

Umeå universitet satsar på kreativa miljöer för studier och arbete. Hos oss finns attraktiva utbildningar, världsledande forskning och utmärkta innovations- och samverkansmöjligheter. Fler än 4 300 medarbetare och 31 500 studenter har redan valt Umeå universitet. Välj oss du också.

Institutionen för fysiologisk botanik, en del av Umeå Plant Science Centre (https://www.upsc.se), i samarbete med SciLifeLab (https://www.scilifelab.se) söker en förste forskningsingenjör inom bioinformatik. Huvudsyftet är att samarbeta med UPSCs bioinformatikplattform i framställningen av nästa iteration av grangenomet och dess annotation.

Anställningen är på heltid under två år med tillträde 2018-07-01 eller enligt överenskommelse.

Beskrivning

Umeå Plant Science Centre söker en bioinformatiker som ska bidra till grangenomprojektet. Huvudsyftet med projektet är att generera en förbättrad genomsekvens med tillhörande annotation, och detta inkluderar analys av data från de senaste sekvenseringsteknologierna (”long read sequencing”). Projektet är en uppföljning av grangenomet. Den uppdaterade genomsekvensen och annotationen ska integreras i existerande verktyg och resurser som tillhandahålls av UPSC, såsom Plant Genome Integrative Explorer.

Arbetsuppgifter 

Anställningens huvudsakliga arbetsuppgifter är: (i) hantering av DNA-sekvenseringsdata (mestadels från tredje generationens DNA-sekvenseringsteknologi), och det kan även innebära utveckling av nya verktyg för att uppfylla projektets mål; (ii) integration av dessa data i Plant Genome Integrative Explorer; (iii) att hålla sig uppdaterad med den senaste utvecklingen av mjukvara och andra verktyg; (iv) att bidra till utvecklingen av ett generaliserat arbetsflöde för genomsammanställning med tredje generationens sekvenseringsdata, med en uppföljning av originalprojektet i form av sekvensering och sammanställning av genomet hos tall.

Kvalifikationer

Du ska ha avlagt doktorsexamen i beräkningsbaserad biologi eller bioinformatik, eller motsvarande. Du ska vara bekant med UNIX och minst ett av de programmeringsspråk vi använder mest (Python, R, C, C++). Kännedom om databasdesign och systemadministration är meriterande, så även kännedom om sekvenseringsteknologier, programmering i R, och statistik. Kännedom om webbdesign och utveckling av webbapplikationer, inklusive serverinstallation och underhåll, är ett krav. Viktigt är att du har god samarbetsförmåga och att du kan interagera väl med andra (biologer, bioinformatiker, datavetare). Du ska behärska det engelska språket väl både i tal och skrift, samt ha erfarenhet av att skriva och presentera vetenskapliga rapporter.

Ansökan

Ansökan ska innehålla: (1) CV med lista av publikationer och kopior av relevanta examina; (2) beskrivning av forskningserfarenhet; (3) redogörelse av vetenskapliga intressen; (4) kontaktinformation till två referenser.

Anställningsform Visstidsanställning längre än 6 månader
Anställningens omfattning Heltid
Tillträde 20170701 eller enligt överenskommelse
Löneform Månadslön
Antal lediga befattningar 1
Sysselsättningsgrad 100%
Ort Umeå
Län Västerbottens län
Land Sverige
Referensnummer AN 2.2.1-789-18
Kontakt
  • Nicolas Delhomme, 090-786 5478
Facklig företrädare
  • SACO, 090-786 53 65
  • SEKO, 090-786 52 96
  • ST, 090-786 54 31
Publicerat 2018-05-03
Sista ansökningsdag 2018-05-24

Tillbaka till lediga jobb