Projektassistent (6 mån) vid molekylärbiologiska institutionen - Befattningen är under tillsättning eller redan tillsatt, och det är inte längre möjligt att lämna in en ansökan

Vi söker en projektassisten i bioinformatik vid molekylärbiologiska institutionen. Tjänsten är 6 månader med start 2017-09-01 eller enligt överenskommelse.

Handledare: Gemma C. Atkinson, Institutionen för Molekylärbiologi, och Umeå Centre for Microbial Research, Umeå Universitet, Sverige

Bakgrund och beskrivning av arbetsuppgifter:

När bakterier stöter på stressfulla förhållanden så omprogrammerar de sin intracellulära fysiologi för att öka sina chanser att överleva tills miljön blir gynnsam igen. En av de sätt som de gör detta på är att producera de intracellulära signalmolekylerna ppGpp och pppGpp (går under samlingsnamnet (p)ppGpp), som förändrar genuttrycksprofilen för cellen genom att interagera med flera processer (through interactions with multiple targets). (p)ppGpp produceras av enzymer från RelA-SpoT Homologue (RSH) superfamiljen, vars evolution vi kategoriserade 2011.

 Det aktuella projektet gäller den del av RSH superfamiljen bestående av Small Alarmone Synthetases (SASs). För tillfället har man hittat 12 olika klasser av SAS, som har utvecklats genom gen-duplicering och horisontell genöverföring. Flera av dessa SAS klasser kan förekomma i samma bakterie. Det är inte känt varför bakterier bär flera SAS, och vad deras funktion är in vivo. Först nyligen så har detaljer kring SAS-regleringen uppmärksammats och vi har i samarbete med Hauryliuklaboratoriet upptäckt att SAS RelQ från patogenen Entercoccus faecalis regleras in vitro både av enkelsträngat RNA och dess produkt pppGpp [2]. Detta väcker frågor angående hur generell denna typ av reglering är  bland olika SAS, vilka sekvens- och strukturregioner som är inblandade samt vilka RNA de binder i levande celler. Vi kommer att försöka besvara dessa frågor genom bioinformatiska analysmetoder, som att genomföra analyser av den molekylära evolutionen av SAS samt analysera NGS-data från SAS-bundna RNA-fragment.

 Detta är en pilotstudie i syfte att undersöka projektets lämplighet för bidragsansökan, doktorsexamen eller postdoc-projekt. Målen är att:

 1) Karaktärisera SAS-diversiteten i bakterier, förbättra och uppdatera våra tidigare klassificeringar, använda det betydande antalet nya genomsekvenser som finns tillgängliga.

 2) Utveckla verktyg för fylogenetisk profilering, för att förutsäga aspekter av diverse funktioner som sedan kan testas experimentellt.

 3) Bestäm sekvensspecificiteten av RNA-bindning med hjälp av att analysera NGS-data av SAS-bundna RNA-fragment.

 Den valda kandidaten kommer att utforma och genomföra analyser av genomiska (NGS), RNA- och proteinsekvenser för att senare presentera resultaten.

Kvalifikationer

Du som söker ska ha en universitetsexamen motsvarande magisterexamen i molekylärbiologi från ett europeiskt universitet vid tidpunkten för rekryteringen (240 hp). Kvalificerade är också de som avslutat åtta terminer av läkar- eller tandläkarprogrammet, inklusive medicinsk kemi, cell- och molekylärbiologi, genetik, fysiologi, mikrobiologi eller de som har förvärvat motsvarande kunskaper i Sverige eller utomlands.

Du bör vara mycket motiverad, har mycket god kommunikationsförmåga med gruppledare och kollegor samt förmågan att samverka effektivt och arbeta produktivt i ett team såväl som förmågan att arbeta självständigt. Du har tidigare erfarenhet av bioinformatik och dator programmering (t.ex. Python Perl)och har ett starkt intresse för molekylärbiologi och evolution. Du måste vara skicklig i både muntlig och skriftlig kommunikation på engelska.

Ansökan

Du ansöker genom vårt rekryteringssystem . Din ansökan ska innehålla följande dokument skrivna på engelska eller svenska:

• En CV med information om utbildning, en förteckning över tidigare och nuvarande anställningar, och en lista över publikationer.
• Ett följebrev som beskriver forskningserfarenhet och intressen, motivation för ansökan om doktorandtjänst
• Kontaktuppgifter för en till tre referenser.

Mer om oss

Atkinson labb är en del av Umeå Centre for Microbial Research (UCMR). Du hittar mer om oss på:

www.ucmr.umu.se and www.molbiol.umu.se/english.

 Referenser

1. Atkinson GC, Tenson T, Hauryliuk V: The RelA/SpoT homolog (RSH) superfamily: distribution and functional evolution of ppGpp synthetases and hydrolases across the tree of life. PLoS ONE 2011, 6(8):e23479.
2. Beljantseva J, Kudrin P, Andresen L, Shingler V, Atkinson GC, Tenson T, Hauryliuk V: Negative allosteric regulation of Enterococcus faecalis small alarmone synthetase RelQ by single-stranded RNA. Proc Natl Acad Sci U S A 2017, 114(14):3726-3731.

Välkommen med din ansökan!