Första forskningsingenjör: Bioinformatiker med erfarenhet av infektionsbiologi

SciLifeLab, Science for Life Laboratory, är ett nationellt center för molekylära biovetenskaper i Sverige, som utvecklar och underhåller unik forskningsinfrastruktur, tjänster och dataresurser för livsvetenskaplig forskning. SciLifeLabs främsta mål är att möjliggöra banbrytande, mångvetenskaplig forskning och främja att forskningen tillämpas till nytta för samhället. Cirka 200 forskargrupper, 1 500 forskare och 40 nationella infrastrukturenheter är kopplade till SciLifeLab. De två huvudnoderna är placerade i Stockholm och Uppsala, men SciLifeLab har nationella faciliteter vid alla större svenska lärosäten.

SciLifeLab och Wallenbergs nationella program för datadriven livsvetenskap (DDLS) är ett 12-årigt initiativ som fokuserar på datadriven forskning, inom områden som är grundläggande för att förbättra människors liv, upptäcka och behandla sjukdomar, skydda biologisk mångfald och bidra till hållbar utveckling. Programmet avser att utbilda och rekrytera nästa generation av forskare inom datadriven livsvetenskap samt att skapa starka och internationellt konkurrenskraftiga beräknings- och datavetenskapliga forskningskapaciteter inom svensk livsvetenskap.

DDLS-programmet etablerar nu en nationell nod inom epidemiologi och infektionsbiologi, vid Umeå universitet med ett nationellt ansvar för att utveckla datatjänster och tillhandahålla bioinformatikstöd. Nodens personal kommer att vara väl integrerad med den lokala forskningsmiljön, men också med SciLifeLabs bioinformatikplattform (NBIS), en unik nationell infrastruktur med över 100 medarbetare, som tillhandahåller avancerad support, infrastruktur och utbildning till svenska forskare inom livsvetenskap, samt deltar i internationella samarbeten. Vi söker nu framstående kandidater med kompetens i storskaliga kliniska och molekylära dataanalyser för att tillhandahålla avancerat bioinformatikstöd till utvalda data-drivna projekt med vetenskaplig excellens. Ditt arbete kommer att omfatta dataanalys och vetenskaplig slutledning på en internationellt konkurrenskraftig nivå, samt att genomföra bioinformatisk träning på doktorandnivå. 

Vi söker nu en bioinformatiker med erfarenhet av storskaliga molekylära forskningsprojekt i immunologi, system för interaktion mellan patogen-värd, eller andra relevanta studier relaterade till infektionsbiologi. Tekniska kompetenser av särskilt intresse är analys av encells- och spatial-omics data, multi-omics integrering, samt genomik och metagenomik av mikroorganismer.
  

Din framtida arbetsplats

Institutionen för fysiologisk botanik huserar Umeås största grupp av bioinformatiker med mer än 20 bioinformatiker samt Swedish Metabolomic Centre. Du kommer att arbeta i en grupp av forskare som både hjälper andra med analys och utvecklar egna metoder som del av sin forskning. Bioinformatikavdelningen arbetar med projekt från alla delar av life science. 

Institutionen är en del av Umeå Plant Science Centre (UPSC) med över 200 anställda i mer än 35 forskargrupper. Det är en av Umeås starkaste forskningsmiljöer med multidisciplinär, samarbetsvillig och expanderande forskning. Vi är även en del av Kemiskt-Biologiskt centrum (KBC), ett life science nav i Umeå med flera nationella plattformar för instrumentering. För mer info om hur det är att arbeta vid Umeå Universitet: https://www.umu.se/jobba-hos-oss/.

Huvudsakliga arbetsuppgifter

De huvudsakliga arbetsuppgifterna är att:

• Utföra avancerade dataanalyser inom nationellt prioriterade datadrivna projekt.
• Potentiellt utveckla verktyg och arbetsflöden för sådana analyser
• Lära ut bioinformatik till andra forskare genom att samarbeta inom projekt, stödja på avancerade nationella kurser och delta i konsultationer.
• Bidra till den löpande utvecklingen av DDLS-programmet och SciLifeLabs bioinformatikplattform på en nationell nivå.

Kvalifikationskrav

Vi söker en mycket motiverad första forskningsingenjör med en stark bakgrund och intresse för epidemiologi och infektionsbiologi. Kandidaten ska ha

(i) doktorsexamen inom bioinformatik eller datavetenskap, eller motsvarande 

(ii) omfattande (5+ års) erfarenhet av att utföra avancerade vetenskapliga analyser på storskaliga datamängder, och förmåga att utföra storskalig molekylär dataanalys och vetenskaplig slutledning på en internationellt konkurrenskraftig nivå

(iii) färdigheter i terminalbaserat arbete i en Linux-miljö och avancerad skriptning i ett relevant skriptspråk (t.ex. Python, Perl eller R)

(iv) mycket god muntlig och skriftlig kommunikationsförmåga på engelska, och

(v) starka färdigheter i samarbete och kommunikation.

Ytterligare kvalifikationer

Postdoktorala studier är en stark merit men inte ett krav. Erfarenhet av avancerade bioinformatiska studier av immunsystemet, storskaliga molekylära studier av värd-patogen-interaktioner, eller storskaliga mikrobiella studier är av särskilt intresse. Starka kunskaper inom experimentell design samt mjukvaruutveckling är också meriterande. "Reproducerbar forskning" och "FAIR-data" är centrala begrepp för oss, och expertis inom utveckling av reproducerbar kod genom att använda koddelningsplattformar, arbetsflödesspråk och containerlösningar är en stark merit.

Ansökan

Din ansökan ska innehålla

• Ett personligt brev, max 2 sidor, inklusive motivering till varför du söker tjänsten
• CV med publikationslista
• Kopia av doktorsexamensbevis
   

Ansökan ska göras via e-rekryteringssystemet Varbi och sista ansökningsdag är 2023-03-23.

Anställningsform

Anställningen är på heltid och tillsvidare. Provanställning kan komma att tillämpas. Tillträde 2023-05-01 eller enligt överenskommelse.

Kontakt

Björn Nystedt, NBIS Support Manager, tel +46 18 471 44 13, bjorn.nystedt@scilifelab.se

Johan Trygg, UmU DDLS Data Science Node, tel +46 730 647 137, johan.trygg@umu.se

Johannes Hanson, Inst. fysiologisk botanik, tel +46 722 243 283, Johannes.hanson@umu.se