1-2 postdoktorer inom beräkningsbiologi och medicin

1 – 2 postdoktorer inom beräkningsbiologi och medicin

Institutionen för medicinsk biovetenskap är en internationellt framgångsrik forskningsmiljö med translationellt fokus inom patologi, klinisk kemi samt medicinsk och klinisk genetik. Institutionen tillhör den Medicinska fakulteten vid Umeå universitet och har ca 90 anställda som bedriver forskning, klinisk verksamhet, och undervisning. Institutionen är placerad i ”Translational Research Centre”, ett forskningscentrum vid Umeå universitet i direkt kontakt med Norrlands universitetssjukhus.

Vi söker nu en till två postdoktorer inom beräkningsbiologi och medicin. Det finns flera forskningsprojekt i vår forskargrupp vid Institutionen för medicinsk biovetenskap, Umeå universitet. Forskargruppen är ansluten till SciLifeLab och är en del av det nationella programmet för datadriven livsvetenskap (DDLS), generöst finansierat av Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse. Vår forskning fokuserar på användning av maskininlärning och AI-verktyg samt mer klassiska men storskaliga ekvationsbaserade mekanistiska beräkningsmodeller tillsammans med patientdata för att skapa kliniskt prediktiva beräkningsmodeller för cancer och andra sjukdomar.

Projektbeskrivning
Det övergripande temat för Erdem Lab är att sammanföra maskininlärning och mekanistiska modeller med patientdata för att skapa kliniskt prediktiva beräkningsmodeller. Därför finns det flera projekt att genomföra:

Projekt 1: Integration av multi-omikdata med hjälp av maskininlärning för att generera nya, datadrivna och kontextspecifika associationsnätverk och signalvägar. Se här för en referensartikel från vårt arbete.
Projekt 2: Vidareutveckling och användning av vår egen pipeline för storskalig konstruktion av mekanistiska modeller för att träna personliga beräkningsmodeller för att studera in-silico kliniska interventionsstrategier. Se här för en referensartikel från vårt arbete.
Projekt 3: Kombinera delar och verktyg från Projekt 1 och Projekt 2 för att härleda kausalitet bland korrelativa associationer som förutsägs av det förstnämnda. Se här för en referensartikel från vårt arbete.

Arbetsuppgifter
Projekten innefattar att hämta och analysera multi-omikdatamängder från cellinjer eller tumörprover, antingen offentligt tillgängliga eller genererade av våra samarbetspartners. I enlighet med FAIR och reproducerbara forskningsprinciper inkluderar uppgifterna bioinformatiska analyser i lokala och nationella högpresterande datorkluster. Baserat på kandidaternas erfarenhet och önskemål kan alla projekt inkludera experimentella (våtlaboratorie) uppföljningar och valideringar. Uppgifterna inkluderar också litteratursökningar, sammanställning av resultat och utarbetande av manuskript. Att delta i och leda gruppmöten ingår också.

Behörighet
Behörig att anställas som postdoktor är den som avlagt doktorsexamen, eller utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen inom omvårdnad/hälsovetenskap/medicin eller liknande. Detta behörighetskrav ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas.

Du är skicklig i omikdataanalyser och bioinformatik och har erfarenhet av att arbeta med och driva tvärvetenskapliga projekt. Du behärskar ett eller flera programmeringsspråk (R, MATLAB eller Python). Baserat på projektmatchning krävs erfarenhet av PK/PD och ODE-baserad modellering eller statistik och maskininlärning. Grundläggande erfarenhet av laboratoriearbete och cellodling är också meriterande. Goda muntliga och skriftliga kunskaper i engelska är ett krav.

Meriterande
Eftersom anställning som postdoktor utgör en meriteringsanställning för juniora forskare, riktar vi oss främst till den som har en doktorsexamen som inte är äldre än tre år räknat från sista ansökningsdag. Om det finns särskilda skäl kan den komma i fråga som avlagt doktorsexamen tidigare. Med särskilda skäl avses ledighet på grund av sjukdom, föräldraledighet, klinisk tjänstgöring, förtroendeuppdrag inom fackliga organisationer eller andra liknande omständigheter, samt för ämnesområdet relevant tjänstgöring/uppdrag.

Den framgångsrika kandidaten är mycket motiverad att forska och har förmågan att ta egna initiativ, kunna arbeta både självständigt och som en del av ett team. Dessutom bör sökanden ha god analytisk och organisatorisk förmåga. Stor vikt kommer att läggas vid kandidatens potentiella samarbetsförmåga.

Mer om anställningen
Anställningen är en visstidsanställning på heltid på två (2) år enligt villkor i avtal om tidsbegränsad anställning som postdoktor från 1 april 2025 eller enligt överenskommelse. Arbetsort är Umeå universitet.

Ansökan
Ansökan ska innehålla följande delar:

• En kort beskrivning (ca en A4) av tidigare forskningserfarenhet, forskningsintressen och motivering till varför du är intresserad av anställningen.
• Meritförteckning/CV
• Examensbevis från forskarutbildning samt andra relevanta examina.
• Publikationslista
• Kontaktinformation till två tillfrågade referenspersoner (emailadress, telefonnummer med landskod och postadress).

Ansökan ska vara skriven på engelska. Den ska göras via vårt e-rekryteringssystem Varbi och vara inkommen senast den 16 februari 2025.

Om du har några frågor eller funderingar, vänligen kontakta Dr. Cemal Erdem (cemal.erdem@umu.se).

Välkommen med din ansökan!