Doktorandtjänst/er i medicinsk vetenskap med inriktning mot tarmmikrobiota

Institutionen för klinisk mikrobiologi vid Umeå universitet söker en-två doktorander inom området medicinsk vetenskap med inriktning mot bioinformatik. Vi erbjuder en internationell, stimulerande och samarbetsinriktad forskningsmiljö där din vetenskapliga karriärutveckling främjas.

Projektet syftar till att spåra skillnader mellan olika arter av tarmbakterier hos människor i olika populationer. Vårt mål är att förbättra förståelsen av adaptiva mekanismer som används av olika tarmbakterier med hög upplösning för att vägleda nästa generations mikrobiota-baserade terapier.

Projektbeskrivning

Studera funktionell potential för att bedöma fitness hos mänskliga tarmbakteriestammar i olika populationer.

Tarmmikrobiotan är avgörande för att upprätthålla människors hälsa, och sjukdomsspecifika förändringar i vår tarmmikrobiota är nu väldokumenterade i olika populationer. Den övergripande sammansättningen och den relativa förekomsten av specifika stammar i människans tarmmikrobiota kan emellertid också variera naturligt med kost, geografi, livsstilsfaktorer och ålder, både inom en individ och mellan olika populationer. Denna kunskap baseras på studier som erhållits från storskalig sekvensering av det mänskliga tarmmikrobiomet, endast under de senaste åren.

Kandidaten/kandidaterna kommer främst att utveckla och använda metoder för bestämma mängd och prevalens av humana tarmassocierade bakterier på stamnivå. En viktig uppgift kommer att vara att utföra storskalig metagenomisk analys (på upp till 50000 prover) och att bestämma fördelningen av stammar och kartlägga deras funktioner i flera olika populationer. Kandidaten/kandidaterna kommer att definiera de potentiella ekologiska funktionerna och differentiell fitness i syfte att karakterisera stambreda skillnader inom flera arter av mänskliga tarmbakterier. 

Förutom bioinformatik kan kandidaten/kandidaterna om intresse finns att få möjlighet att arbeta med bakterieisolering från fekala prover, in vitro-stamkarakterisering och high-throughput encellsstudier.

Nyckelord: Doktorandtjänst, Metagenomik, mänsklig tarmmikrobiota, shotgun metagenomik, mikrobiotautveckling, mikrobiom, sekvensering med långa läsningar, metagenom sammansatta genom, metagenomik på stamnivå, högupplöst metagenomik

Du som är antagen till forskarutbildning vid Medicinska fakulteten kommer att ingå i den fakultetsgemensamma forskarutbildningen. Forskarutbildningen omfattar 25 högskolepoäng och erbjuds i två studievarianter: 25 högskolepoäng fördelat på 8 terminer (totalt 4 år) eller på 12 terminer (totalt 6 år), med start varje höst- och vårtermin. Mer information om utbildningen finns på fakultetens webbsida för forskarutbildning (Utbildning på forskarnivå vid Medicinska fakulteten - Handbok (umu.se)).

Behörighet och kvalifikationer

• Du ska ha minst 240 högskolepoäng (hp), varav minst 60 hp på avancerad nivå, inom naturvetenskap, livsvetenskap eller teknik.
• Du ska ha god förmåga att uttrycka dig i tal och skrift på engelska, kunna arbeta såväl självständigt som i samarbete med andra samt vara mycket motiverad.

Särskilt meriterande

• En examen i bioinformatik, beräkningsbiologi, (bio)statistik, (tillämpad) matematik, datavetenskap eller ett relaterat område; kandidater från andra områden med starka programmerings-/kodningsfärdigheter (se nedan) uppmuntras också att ansöka.
• Kunskaper i minst ett programmeringsspråk, företrädesvis Python eller R.
• Erfarenhet inom något av följande områden: storskalig sekvensanalys, mikrobiell genomik, forskning om tarmfloran hos människor (shotgun metagenomics), konstruktion av metagenomassemblerade genom, tarmflorans genom och utveckling av gendatabaser.
• Bekväm med att arbeta i en mångsidig, inkluderande, tvärvetenskaplig och mycket samarbetsinriktad miljö.
• Förmåga att navigera i UNIX-filsystem från kommandoraden, arbeta i conda-miljö, installation och implementering av paket från github, batchjobbinlämningar i kluster
• Tidigare kurs- eller forskningserfarenhet inom biovetenskap, mikrobiologi, bakterieisolering och odling, DNA-extraktion och biblioteksberedning för sekvensering med kort och lång läsning.

Ytterligare information

Tjänsten finansieras (lön) via SciLifeLab och Wallenberg National Program for Data-Driven Life Science (DDLS; https://www.scilifelab.se/data-driven/), ett 12-årigt initiativ som syftar till att rekrytera och utbilda nästa generations datadrivna livsforskare. Förutom att vara knuten till Institutionen för klinisk mikrobiologi vid Umeå universitet (https://www.umu.se/institutionen-for-klinisk-mikrobiologi/) kommer du att vara knuten till det nationella DDLS-programmet, genom vilket du kommer att ha tillgång till datorresurser, den nationella DDLS-forskarskolan och andra utbildnings- och nätverksmöjligheter i hela Sverige.

Du kommer vidare att vara ansluten till Laboratory for Molecular Infection Medicine Sweden (MIMS; https://www.mims.umu.se/); MIMS är medlem i Nordic EMBL Partnership for Molecular Medicine, som är inriktat på det växande området inom biovetenskap som undersöker den molekylära grunden för sjukdomar och utforskar molekylärt och genetiskt baserade behandlingar. Det kommer att finnas möjligheter att samarbeta med experter i och utanför Europa. Lokalt är forskargruppen ansluten till Umeå centrum för mikrobiell forskning (UCMR; https://www.umu.se/ucmr/om-ucmr/) UCMR är ett tvärvetenskapligt forskningscentrum som inrättats av ett konsortium av forskare som representerar medicinsk och molekylär mikrobiologi, molekylär och strukturell biologi, kemi och fysik, och som ägnar sig åt högkvalitativ forskning och nya tillämpningar inom mikrobiell patogenes.

Hur du ansöker

Doktorandtjänst 4 år, tillträde enligt överenskommelse. Ansökan görs elektroniskt (via systemet Varbi).

Ansökan ska innehålla:

• Ett personligt brev (en A4-sida) där du lyfter fram dina särskilda kvalifikationer och din motivation för tjänsten. [t.ex. hur din bakgrund stämmer överens med forskningsområdet].
• En meritförteckning (CV), inklusive en fullständig lista över publikationer. [förhandstryckta publikationer accepteras]
• Vidimerade kopior av examensbevis, certifikat och betyg.
• Namn och kontaktuppgifter till minst två referenspersoner.

För mer information om forskningsområdet, kontakta 

Chinmay Dwibedi [dwibedilab.org]              chinmay.dwibedi@umu.se

Vi välkomnar din ansökan!