Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskaplig fakultet

Umeå universitet är ett av Sveriges största lärosäten med över 37 000 studenter och cirka 4 700 anställda. Vid universitetet finns en mångfald av utbildningar av hög kvalitet och världsledande forskning inom flera vetenskapsområden, och här gjordes den banbrytande upptäckten av gensaxen CRISPR-Cas9 som tilldelats Nobelpriset i kemi. Vid Umeå universitet är allt nära. Våra sammanhållna campus gör det lätt att mötas, samarbeta och utbyta kunskap, något som gynnar en dynamisk och öppen kultur.

Den samhällsomvandling och de stora gröna investeringar vi ser i norra Sverige skapar enorma möjligheter och komplexa utmaningar. För Umeå universitet handlar det om att bedriva forskning om – och mitt i – ett samhälle i omvandling. Men också om att leverera utbildningar för regioner som behöver expandera fort och hållbart. Det är helt enkelt här framtiden skapas.

Är du intresserad av att veta mer? Läs mer om Umeå universitet som arbetsplats.

 

Institutionen för fysiologisk botanik, en del av Umeå Plant Science Centre (https://www.upsc.se), i samarbete med SciLifeLab (https://www.scilifelab.se) söker en förste forskningsingenjör inom bioinformatik. Huvudsyftet är att samarbeta med UPSCs bioinformatikplattform i framställningen av nästa iteration av grangenomet och dess annotation.

Anställningen är på heltid under två år med tillträde 2018-07-01 eller enligt överenskommelse.

Beskrivning

Umeå Plant Science Centre söker en bioinformatiker som ska bidra till grangenomprojektet. Huvudsyftet med projektet är att generera en förbättrad genomsekvens med tillhörande annotation, och detta inkluderar analys av data från de senaste sekvenseringsteknologierna (”long read sequencing”). Projektet är en uppföljning av grangenomet. Den uppdaterade genomsekvensen och annotationen ska integreras i existerande verktyg och resurser som tillhandahålls av UPSC, såsom Plant Genome Integrative Explorer.

Arbetsuppgifter 

Anställningens huvudsakliga arbetsuppgifter är: (i) hantering av DNA-sekvenseringsdata (mestadels från tredje generationens DNA-sekvenseringsteknologi), och det kan även innebära utveckling av nya verktyg för att uppfylla projektets mål; (ii) integration av dessa data i Plant Genome Integrative Explorer; (iii) att hålla sig uppdaterad med den senaste utvecklingen av mjukvara och andra verktyg; (iv) att bidra till utvecklingen av ett generaliserat arbetsflöde för genomsammanställning med tredje generationens sekvenseringsdata, med en uppföljning av originalprojektet i form av sekvensering och sammanställning av genomet hos tall.

Kvalifikationer

Du ska ha avlagt doktorsexamen i beräkningsbaserad biologi eller bioinformatik, eller motsvarande. Du ska vara bekant med UNIX och minst ett av de programmeringsspråk vi använder mest (Python, R, C, C++). Kännedom om databasdesign och systemadministration är meriterande, så även kännedom om sekvenseringsteknologier, programmering i R, och statistik. Kännedom om webbdesign och utveckling av webbapplikationer, inklusive serverinstallation och underhåll, är ett krav. Viktigt är att du har god samarbetsförmåga och att du kan interagera väl med andra (biologer, bioinformatiker, datavetare). Du ska behärska det engelska språket väl både i tal och skrift, samt ha erfarenhet av att skriva och presentera vetenskapliga rapporter.

Ansökan

Ansökan ska innehålla: (1) CV med lista av publikationer och kopior av relevanta examina; (2) beskrivning av forskningserfarenhet; (3) redogörelse av vetenskapliga intressen; (4) kontaktinformation till två referenser.

Anställningsform Tidsbegränsad anställning
Anställningens omfattning Heltid
Tillträde 20170701 eller enligt överenskommelse
Löneform Månadslön
Antal lediga befattningar 1
Sysselsättningsgrad 100%
Ort Umeå
Län Västerbottens län
Land Sverige
Referensnummer AN 2.2.1-789-18
Kontakt
  • Nicolas Delhomme, 090-786 5478
Facklig företrädare
  • SACO, 090-786 53 65
  • SEKO, 090-786 52 96
  • ST, 090-786 54 31
Publicerat 2018-05-03
Sista ansökningsdag 2018-05-24

Tillbaka till lediga jobb