Postdoktor i 3D genomik och cellulär plasticitet i glioblastom, 2 år

Postdoktor i 3D genomik och cellulär plasticitet i glioblastom, 2 år

Vi söker en motiverad postdoktor för att studera för att studera 3D genomik och cellulär plasticitet i glioblastom under 2 år.

Postdoktortjänsten finansieras av externa medel. Tjänsten är fullt finansierat i 2 år men kandidaten kommer också uppmuntras till att söka egna anslag. Forskargruppen är anknuten till Wallenberg centrum för molekylär medicin vid Umeå Universitet (WCMM). WCMM grundades som en del av en nationell satsning av Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse (KAW) för att stärka life science-forskningen i Sverige. WCMM vid Umeå universitet bygger på ett nära samarbete med Västerbottens läns landsting, övriga WCMM centra i Sverige samt SciLifeLab.

Forskargruppen är baserad på Institution för Medicinsk och Translationell Biologi vid Umeå universitet. Vid institutionen finns stark forskning inomcancer, genetik, neurovetenskap, metabolism och imaging. Centret har tillgång till god infrastruktur och är väl utrustat med nödvändig instrumentering. I laboratoriet finns en stark bakgrund i genreglering och 3D-kromatinorganisation i glioblastom, musgenetik och grundläggande cancerforskning. Vi söker en entusiastisk och motiverad postdoktor till Silvia Remeseiros forskningsgrupp för att studera hur signaler från neuroner påverkar 3D genomorganisation och cellulär plasticitet i glioblastom.

Projektbeskrivning

Kromatinorganisation kontrollerar transkription genom att modulera 3D-interaktioner mellan enhancers och promotorer i cellkärnan. Förändringar i epigenetiska tillstånd och 3D-kromatinorganisation resulterar i genuttrycksförändringar som bidrar till cancer. Vårt senaste arbete (Chakraborty et al 2023 Nature Communications) har för första gången pekat på de epigenomiska och 3D-kromatinförändringar som ligger till grund för neuron-till-gliomkommunikation. Efter upptäckten av neurogliomala synapser, som driver tumörprogression genom att förmedla neuronal aktivitet till tumörceller, ger våra data mekanistisk insikt i de genreglerande nätverk som förmedlar neuron-till-gliomkommunikation.

Inom ramen för projektet kommer vi att använda single-cell-sekvenseringsmetoder, bioinformatik och genomredigering, samt co-kultursystem för att modellera interaktioner mellan neuroner och gliomceller; med huvudfokus på att studera inverkan av neuronaktivitet i 3D-genomorganisation och cellulär plasticitet vid glioblastom. Med detta projekt kommer vi att fortsätta våra banbrytande studiet av genregulatoriska nätverk underliggande neurogliomala synapser.

Experimentell metodik inkluderar single-cell-sekvensering (scRNA-seq och scATAC-seq), tekniker för att definiera 3D genomorganisation (HiChIP, HiC, Capture-C) och bioinformatik. Arbetet inkluderar också cellinjer i kultur och genetisk manipulering (CRISPR / Cas9).

Arbetsuppgifter

Arbetet inkluderar olika hel-genomsekvensering metoder (HiChIP, HiC, 4C-seq, ChIP-seq, RNA-seq, ATAC-seq). En stor del av arbetet är bioinformatik analyser, inklusive analyser av RNA-seq, ATAC-seq, ChIP-seq och HiChIP data. Arbetet inkluderar också musmodeller och cellinjer i kultur och genetisk manipulering (CRISPR / Cas9).

Behörighet

Behörig att anställas som postdoktor är den som avlagt doktorsexamen, eller utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen, inom molekylärmedicin eller relaterad disciplin. Detta behörighetskrav ska vara uppfyllt senast vid anställningens startdatum. En stark bakgrund inom genomik och bioinformatik är ett krav.

Vi söker en begåvad och nyfiken forskare med självständigt och kritiskt tänkande som tidigare deltagit i intressant och produktiv forskning och som har förmåga att arbeta såväl självständigt som tillsammans med övriga i forskargruppen. Den sökande ska kunna: 1) självständigt planera experiment, 2) bedriva forskning inom ramen för gruppens forskningsprogram, 3) etablera metoder, 4) analysera forskningsresultat, 5) kommunicera resultat och presentera data vid nationella och internationella vetenskapliga möten.

Vidare är tidigare erfarenhet av genomik tekniker (HIChIP, HiC/4C-seq, ChIP-seq, RNA-seq, ATAC-seq) är ett krav samt erfarenhet av bioinformatik, inklusive Python och R tools, arbetet i ”computing clusters” som UPPMAX och analyser av HiChIP, RNA-, ChIP- och ATAC-seq data.

Kandidaten ska ha mycket goda kunskaper i engelska, såväl i tal som i skrift samt god förmåga att samarbeta, organisera sitt arbete och kommunicera forskningsresultat.

Meriterande

Eftersom anställning som postdoktor utgör en meriteringsanställning för juniora forskare, riktar vi oss främst till den som har en doktorsexamen som inte är äldre än tre år räknat från sista ansökningsdag. Om det finns särskilda skäl kan den komma i fråga som avlagt doktorsexamen tidigare. Med särskilda skäl avses ledighet på grund av sjukdom, föräldraledighet, klinisk tjänstgöring, förtroendeuppdrag inom fackliga organisationer eller andra liknande omständigheter, samt för ämnesområdet relevant tjänstgöring/uppdrag.

Dokumenterad erfarenhet av andra bioinformatiska metoder, utöver de som anges som krav, är meriterande. Erfarenhet av cellodling av cancerceller och neuroner samt CRISPR/Cas9-teknik är mycket önskvärt. Dokumenterad erfarenhet av försöksdjur är också önskvärt. En bakgrund inom neurovetenskap och/eller glioblastom är meriterande. Publikationer inom genreglering, 3D-kromatinorganisation och/eller onkologi är också meriterande.

Mer om anställningen

Anställningen är en tidsbegränsad anställning på heltid i två år med startdatum enligt överenskommelse.

Ansökan

Ansökan ska innehålla:

-     En kort beskrivning av dina forskningsintressen och motivering till ansökan (max en sida).
-     Curriculum vitae (CV) inkluderande tidigare positioner, publikationslista samt laboratorieteknisk expertis.
-     Kopior av examensbevis.
-     Kontaktinformation till två referenspersoner.

Ansökan skall göras via vårt e-rekryteringssystem Varbi och vara inkommen senast den 6 januari 2025.

Kontaktinformation

För ytterligare information, vänligen kontakta biträdande lektor Silvia Remeseiro, Inst Medicinsk och Translationell Biologi / WCMM, via silvia.remeseiro@umu.se

https://www.umu.se/en/research/groups/silvia-remeseiro/

www.umu.se/en/wallenberg-centre-for-molecular-medicine/