Umeå universitet, Institutionen för strålningsvetenskaper

Umeå universitet satsar på kreativa miljöer för studier och arbete. Hos oss finns attraktiva utbildningar, världsledande forskning och utmärkta innovations- och samverkansmöjligheter. Fler än 4 100 medarbetare och 34 000 studenter har redan valt Umeå universitet. Välj oss du också.

Institutionen för strålningsvetenskaper, onkologi, söker en bioinformatiker/projektassistent för studier av orsaker och uppkomst av hjärntumörer. Anställningstiden är 6 mån och avser heltid. Sista ansökningsdag är 2020-03-04.

Projektbeskrivning

Forskargruppen har ett brett translationellt samarbete och en kreativ miljö. Forskningen inom gruppen är huvudsakligen inriktad mot uppkomst och ärftlighet hos primärt hjärntumörer (gliom), men även andra tumörsjukdomar studeras. En stor del av forskningen sker på biobanksprover, d.v.s. humana biologiska prover som frusits in före, vid eller efter en cancerdiagnos. Med hjälp av lämpliga analysmetoder karaktäriseras de biologiska proverna med avseende på t.ex. metabolitkomposition (metabolomics), ärftliga genetiska varianter (DNA-genotypning/sekvensering), eller mRNA-uttrycksnivåer (RNA-sekvensering). Inom forskargruppen finns redan stora mängder data och nya prover analyseras kontinuerligt.

Arbetsuppgifter

Du kommer arbeta tillsammans med andra bioinformatiker/data scientists, forskare och statistiker, med att tillämpa befintliga verktyg för datahantering, bearbetning och analys för att besvara biologiskt relevanta frågeställningar. Din roll i projektet blir främst analys av RNA-sekvensdata från humana cellinjer som modifierats med CRISPR-Cas9 i syfte att utröna funktionen av en icke-kodande genetisk variant som upprepade studier visat kopplar med ökad risk för gliom. Data från RNA-sekvensering ska behandlas med gängse metoder, variationen ska kartläggas och kopplingar till bakomliggande biologi analyseras. Vidare ska data läggas ihop i en multiblock-analys med metabolomics-data från samma cellinjer.

Kompetenskrav

För att vara behörig att söka ska du ha civilingenjörsexamen i Bioteknik, med inriktning mot bioinformatik eller inom liknande område som arbetsgivaren bedömer som motsvarande. Sökande ska ha erfarenhet av hantering av humana data från next generation sequencing (NGS), arbete i Unix-miljö, samt goda programmeringskunskaper (Python och/eller R). Goda kunskaper i svenska och engelska språket.

Meriterande

Det är meriterade om du har erfarenhet från databashantering för behandling och annotering av humangenetiska data. Även erfarenhet från utveckling av verktyg för NGS-datahantering är meriterande. Generellt är erfarenhet från; (i) dataanalys på nationella beräkningskluster (Uppmax), (ii) arbetsflödesverktyg (SnakeMake, Nextflow, eller liknande), samt (iii) datamodellering med statistiska/kemometriska metoder också meriterande.

Ansökan

Din ansökan ska innehålla

  • CV med examina, teknisk expertis och utbildning
  • Ett personligt brev
  • Namn och kontaktinformation till minst två referenspersoner

Upplysningar

Närmare upplysningar lämnas av professor Beatrice Melin MD, beatrice.melin@umu.se, Carl Wibom, carl.wibom@umu.se eller Anna Dahlin, anna.dahlin@umu.se.

 

Ansökan ska göras via vårt e-rekryteringssystem Varbi och vara inkommen senast 2020-03-04.

Välkommen med din ansökan!

Anställningsform Visstidsanställning 3-6 månader
Anställningen avslutas 2020-10-11
Anställningens omfattning Heltid
Antal lediga befattningar 1
Sysselsättningsgrad 100%
Ort Umeå
Län Västerbottens län
Land Sverige
Referensnummer AN 2.2.1-201-20
Kontakt
  • Beatrice Melin, 0907866142
  • Carl Wibom, 090-786 53 04
  • Anna Dahlin, 090-785 28 65
Facklig företrädare
  • SACO, 090-786 53 65
  • SEKO, 090-786 52 96
  • ST, 090-786 54 31
Publicerat 2020-02-12
Sista ansökningsdag 2020-03-04

Retour aux postes vacants