Doktorand i medicinsk vetenskap med inriktning mot bioinformatik

Umeå universitet, Medicinska fakulteten

Umeå universitet är ett av Sveriges största lärosäten med över 37 000 studenter och cirka 4 700 anställda. Vid universitetet finns en mångfald av utbildningar av hög kvalitet och världsledande forskning inom flera vetenskapsområden, och här gjordes den banbrytande upptäckten av gensaxen CRISPR-Cas9 som tilldelats Nobelpriset i kemi. Vid Umeå universitet är allt nära. Våra sammanhållna campus gör det lätt att mötas, samarbeta och utbyta kunskap, något som gynnar en dynamisk och öppen kultur.

Den samhällsomvandling och de stora gröna investeringar vi ser i norra Sverige skapar enorma möjligheter och komplexa utmaningar. För Umeå universitet handlar det om att bedriva forskning om – och mitt i – ett samhälle i omvandling. Men också om att leverera utbildningar för regioner som behöver expandera fort och hållbart. Det är helt enkelt här framtiden skapas.

Är du intresserad av att veta mer? Läs mer om Umeå universitet som arbetsplats.

Medicinska fakulteten är en av de största fakulteterna vid Umeå universitet och attraherar många studenter med ett omfattande utbud av utbildningar inom områdena medicin, tandvård, hälsa och vård. Vi erbjuder en väl utvecklad forskningsinfrastruktur och en inspirerande, dynamisk miljö med ledande forskning. Vår nära samverkan med de fyra regionerna i Norra sjukvårdsregionen ser vi som en stor ömsesidig tillgång för att utveckla forskning och utbildning och att säkra tillgången på vår framtids vårdpersonal.

Arbetsbeskrivning

En fullt finansierad doktorandtjänst är omedelbart tillgäng på Institutionen för klinisk mikrobiologi på Umeå universitet. Tjänsten är öppen för beräkningsorienterade forskare med ett intresse för en-cellsmetagenomisk analys. Ansökningar är välkomna till 2025-12-11.

Arbetsuppgifter

Bioinformatiska metoder för encells-metagenomisk analys

Encellsmetagenomisk sekvensering (scMetaG) kan erbjuda insikter i komplexa mikrobiella samhällen, i högsta möjliga upplösning. Dock så är inte nuvarande bioinformatiska verktyg redo att hantera den enorma mängden data som moderna scMetaG-metoder kan generera. I det här projektet så kommer doktoranden att utveckla nya bioinformatiska metoder och verktyg som kan han analysera enorma mängder scMetaG-data.

Utöver att vara affilierad med Institutionen för klinisk mikrobiologi vid Umeå universitet (https://www.umu.se/en/department-of-clinical-microbiology/) så kommer studenten vara affilierad med SciLifeLab och Wallenbergs nationella DDLS-program (Data- Driven Life Science; https://www.scilifelab.se/data-driven/), ett 12-årigt initiativ ämnat att rekrytera och träna nästa generations datadrivna forskare.

Studenten kommer vidare vara affilierad med MIMS (Laboratory for Molecular Infection Medicine Sweden; https://www.mims.umu.se/); MIMS är medlem av Nordic EMBL Partnership for Molecular Medicine, som är dedikerat till att växa fälten för livsvetenskaper som utforskar de molekylära aspekter som ligger till grund för sjukdomar, och för att hitta nya behandlingar.

Kvalifikationer

Ansökande måste:

Grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå har den som har avlagt en examen på avancerad nivå, fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng (hp), varav minst 60 hp på avancerad nivå, eller som i någon annan ordning inom eller utom landet har förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper (HF 7 kap 39§).
Kunna programmera i minst ett statiskt typat programmeringsspråk
Ha substantiell erfarenhet av att utveckla mjukvara (dvs projekt med >10k rader kod)
Ha kunskap om grunderna i hårdvara ock operativsystem, med speciellt fokus på Linux
Kunna kommunicera flytande på engelska och svenska
Vara beredda att arbeta i en divers, inkluderande, interdisciplinärt och väldigt kollaborativ miljö

Ansökande får gärna ha tidigare erfarenhet av:

Beräkning i HPC-miljöer
Programmering i Rust
Analys av encellsdata, speciellt scMetaG-data
Att jobba inom biologi

Ansökan

En fullständig ansökan ska innehålla:

Ett personligt brev som beskriver ansökandens anledning till att söka denna tjänst (1 sida).
Ett curriculum vitae (CV), med lista på tidigare publikationer, avhandling, och/eller mjukvaror (om sådana finns).
Kopior av examensbevis eller motsvarande, inklusive dokumentation av avslutade akademiska kurser och erhållna betyg
Två referenser och deras kontaktuppgifter.

Ansökan görs elektroniskt via Varbi. Handlingarna ska vara i word- eller pdf-format. Sista ansökningsdag är 2025-12-11.

Tjänsten finansieras helt för fyra år och startar omedelbart eller enligt överenskommelse.

Löneinplacering sker enligt fastställd lönestege för doktorandanställning. Enligt Högskoleförordningen (12 kap, 2§) kan beslutet om anställning inte överklagas.

För mer information, kontakta Laura Carroll (laura.carroll@umu.se).

Umeå universitet vill erbjuda en jämställd och jämlik miljö där öppna samtal mellan människor med olika bakgrund och perspektiv lägger grunden för lärande, skaparkraft och utveckling. Vi välkomnar därför personer med olika bakgrunder och erfarenheter att söka den aktuella anställningen.

Till bemannings- och rekryteringsföretag och till dig som är försäljare: Vi undanber oss vänligen men bestämt direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av ytterligare jobbannonser.